在违法建设处罚中，工程造价的计算通常依据实际发生的建设成本，包括直接费用和间接费用，具体计算方式需结合地方性法规及实际工程情况综合确定。以下从不同角度详细说明：

1. 直接费用计算
   直接费用指直接用于工程建设的成本，包括：
   

• 材料费：实际采购的建筑材料费用（如水泥、钢材、砖块等），需提供采购发票或市场价格证明；
  
• 人工费：实际支付的工人工资，需提供工资发放记录或劳务合同；
  
• 机械费：施工机械的租赁或使用费用，需提供租赁合同或设备使用记录。
  示例：若违法建设为砖混结构房屋，工程造价=砖块费用+水泥费用+钢筋费用+工人工资+机械租赁费。

1. 间接费用计算
   间接费用指与工程建设相关但非直接投入的费用，包括：
   

• 设计费：若存在专业设计，需提供设计合同及支付凭证；
  
• 管理费：施工过程中的管理成本（如现场管理人员工资、办公费用等）；
  
• 其他费用：如临时设施费、水电费等，需提供相关票据或合理估算。
  注意：若违法建设未完成或未实际发生全部费用，可能需通过评估或鉴定确定合理造价。

1. 地方性法规的特殊规定
   部分地区可能对违法建设工程造价计算有特殊规定，例如：
   

• 按建筑面积折算：如某地规定违法建设工程造价按建筑面积×单位造价（如每平方米1000元）计算；
  
• 按市场价上浮：为体现惩罚性，可能要求按市场价上浮一定比例（如上浮20%）确定造价；
  
• 委托第三方评估：行政机关可能委托造价咨询机构出具专业评估报告作为处罚依据。
  建议：需查阅当地《城乡规划法实施细则》或《违法建设处理办法》等法规，确认具体计算方式。

1. 争议解决中的造价认定
   若当事人对行政机关认定的工程造价有异议，可通过以下途径解决：
   

• 申请复核：向作出处罚的机关提出书面复核申请，要求重新计算或提供证据；
  
• 行政诉讼：在行政诉讼中，法院可能委托司法鉴定机构对工程造价进行鉴定，鉴定结论作为裁判依据。
  关键点：当事人需保留好施工合同、付款凭证、材料采购单等证据，以支持自身主张。

总结：违法建设处罚中的工程造价计算需结合直接费用、间接费用及地方性法规综合确定，若存在争议可通过复核或诉讼解决。如有具体案件或地方性法规疑问，可直接向我咨询。