结论：合同上约定三个月没做满扣工资，这一条款是否合法需分情况讨论，一般情况下，若该条款违反法律法规强制性规定或显失公平，则可能被认定为无效；若该条款是双方真实意思表示且不违反法律法规，则可能被认定为有效，但具体执行还需考虑合理性。以下是对此问题的详细分析：
一、合同条款的合法性判断
违反法律法规强制性规定的条款无效：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位不得随意扣除劳动者工资，除非因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，且用人单位需按照劳动合同的约定和国家规定，从劳动者工资中扣除赔偿费用，但扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 若合同中约定的“三个月没做满扣工资”条款，未考虑上述限制条件，直接规定扣除全部或大部分工资，则该条款可能因违反法律法规强制性规定而被认定为无效。
显失公平的条款可能被撤销：
- 如果合同中的“扣工资”条款显失公平，即一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
- 在此情况下，若劳动者认为合同中的“扣工资”条款显失公平，可以向法院或仲裁机构申请撤销该条款。
二、合同条款的有效性及执行
双方真实意思表示且不违反法律法规的条款有效：
- 如果合同中的“三个月没做满扣工资”条款是双方真实意思表示，且不违反法律法规的强制性规定，也不显失公平，则该条款可能被认定为有效。
- 但即便条款有效，用人单位在执行时也需考虑合理性，不能随意扣除劳动者工资，需按照合同约定和法律法规的规定进行扣除。
合理性考虑：
- 即使合同条款有效，用人单位在扣除工资时也需考虑扣除的合理性。例如，扣除的金额应与劳动者未完成工作造成的损失相当，不能过度扣除。
- 如果用人单位扣除的工资过多，导致劳动者生活困难或违反法律法规的最低工资标准，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
三、建议与行动
审查合同条款：
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于工资扣除的条款，确保条款合法合规且合理。
与用人单位协商：
- 如果劳动者对合同中的“扣工资”条款有异议，可以与用人单位进行协商，寻求修改或删除该条款。
寻求法律援助：
- 如果劳动者认为合同中的“扣工资”条款违法或显失公平，且无法与用人单位协商解决，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，必要时可以寻求法律援助或咨询专业律师（如我）的意见。
示例说明：假设劳动者小李与用人单位签订了一份劳动合同，合同中约定“若小李在三个月内未做满，则扣除其当月全部工资”。小李在两个月后因个人原因离职，用人单位依据合同条款扣除其全部工资。在此情况下，小李可以认为该条款违反了法律法规的强制性规定（即扣除工资不得超过当月工资的20%且剩余工资不得低于最低工资标准），因此该条款无效。小李可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位返还被扣除的工资。
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