结论前置：职工长期不来上班，公司在符合法定条件和程序的情况下有权辞退，但需谨慎处理，确保每一步都合法合规，否则可能面临法律风险。以下是对此问题的详细分析：
一、可以辞退的情形及法律依据
严重违反规章制度：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条第二项，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。员工长期不来上班，若公司规章制度中明确规定了旷工天数（如连续旷工3天或累计旷工5天及以上）视为严重违纪，且该制度已通过民主程序制定并公示告知员工，则公司有权依据此条款辞退员工。
医疗期满不能工作（虽不直接属于因长期不来上班辞退，但处理长期缺勤时可能涉及）：
- 若员工因患病或非因工负伤长期不能上班，医疗期届满后不能从事原工作或另行安排的工作，公司提前三十日以书面形式通知或额外支付一个月工资后，可以解除劳动合同，但需支付经济补偿金。
二、辞退的法定程序
确保规章制度合法合规：
- 规章制度内容需符合法律法规，制定过程需经民主程序，并向员工公示，确保员工知晓。
收集证据：
- 公司应保存考勤记录、请假申请等相关材料，作为员工长时间不上班的证据。
了解未出勤原因并书面通知返岗：
- 在决定辞退前，公司应尝试联系员工了解其未出勤原因，并要求提供相关证明。若员工无正当理由长期未上班，应向员工发送书面通知，要求其在指定期限内返岗，并明确告知逾期不返岗的后果。通知应通过可留痕方式送达，如EMS邮寄、短信、邮件等。
作出辞退决定并通知员工：
- 经过调查和评估，如果员工旷工确实属于严重违纪行为且无合理解释，公司应作出辞退决定，并以书面形式通知员工。辞退通知书应明确辞退的原因、生效日期等信息，并通过有效方式送达员工。
办理离职手续并结算工资：
- 要求员工在规定时间内办理工作交接手续，确保公司业务不受影响。按照法律规定和公司制度，结算员工应得的工资、奖金等，并处理社保、公积金等事宜。为员工出具离职证明，证明其与公司已解除劳动关系。
通知工会（如有工会组织）：
- 如果公司有工会组织，在作出辞退决定前应将相关情况通知工会，并听取工会的意见。
三、特殊情形的处理
怀孕员工：
- 女职工在孕期、产期、哺乳期等特殊时期，公司不能随意辞退。若违法辞退怀孕员工，员工可以要求继续履行合同或要求公司支付二倍的经济补偿金作为赔偿。
工伤员工：
- 员工因工伤长期不上班，公司应提供必要的支持和合理安排。若员工已康复但拒绝返岗，可协商调整岗位或依据公司规章制度处理。
其他特殊保护对象：
- 如员工患病或非因工负伤在规定的医疗期内，公司也不能随意开除。
四、法律后果与风险防范
- 若公司满足上述条件和程序后依法辞退员工，通常是合法有效的。
- 若程序不合法或未遵循相关法律规定，员工有权通过劳动仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。公司可能面临支付经济赔偿金、恢复劳动关系等法律风险。
建议：公司在处理员工长期不来上班的问题时，应确保每一步都合法合规，避免违法辞退带来的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。