在计算员工补偿金时，工龄工资、加班费、变动补贴是否计入，需根据具体情况和补偿金类型来判断，不能一概而论其是否合法。以下是对这一问题的详细分析：
一、经济补偿金的计算基数
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。而平均工资的计算，通常包括基本工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入，但加班费是否计入经济补偿金的计算基数，实践中存在争议：
多数观点：加班费属于劳动者额外劳动的报酬，不应计入经济补偿金的计算基数。因为经济补偿金是对劳动者因劳动合同解除或终止而失去工作的补偿，其计算基数应反映劳动者正常工作时间的工资水平。
少数观点：加班费作为劳动者工资的一部分，应当计入经济补偿金的计算基数。这种观点认为，加班费是劳动者因提供额外劳动而获得的报酬，同样属于劳动者的劳动收入，因此应纳入经济补偿金的计算范围。
在实际操作中，多数地区和法院倾向于采用第一种观点，即加班费不计入经济补偿金的计算基数。但具体还需根据当地司法实践和法院判决来确定。
二、工龄工资、变动补贴的计入问题
工龄工资：工龄工资是劳动者因在本单位工作年限增加而获得的工资增长部分，它反映了劳动者对单位的贡献和忠诚度。在计算经济补偿金时，工龄工资通常应计入计算基数，因为它属于劳动者正常工作时间的工资组成部分。
变动补贴：变动补贴如交通补贴、通讯补贴等，是用人单位根据劳动者的工作需要或岗位特点而给予的补贴。这些补贴在性质上属于劳动者的货币性收入，因此在计算经济补偿金时，通常也应计入计算基数。但需注意的是，如果补贴是临时性的或非经常性的，可能不被计入计算基数。
三、特殊情况下的补偿金计算
除了经济补偿金外，劳动者还可能因工伤、非法解除劳动合同等原因获得其他类型的补偿金。这些补偿金的计算基数和方式可能因具体情况而异：
工伤赔偿：工伤赔偿包括一次性伤残补助金、一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金等。这些赔偿的计算基数通常与劳动者的工资水平、伤残等级等因素有关，且加班费、工龄工资、变动补贴等是否计入，需根据具体赔偿项目和当地规定来确定。
非法解除劳动合同赔偿金：根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十七条的规定，用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。在这种情况下，赔偿金的计算基数同样需根据经济补偿金的计算基数来确定，但加倍支付。
四、建议与总结
对于劳动者：在计算补偿金时，应仔细了解当地的规定和司法实践，确保自己的权益得到充分保障。如果对补偿金的计算有疑问或争议，可以向当地劳动争议仲裁委员会或法院申请仲裁或提起诉讼。
对于用人单位：在计算补偿金时，应严格遵守法律法规的规定和当地司法实践的要求，确保计算的准确性和合法性。避免因计算错误或遗漏而引发劳动争议和法律风险。
综上所述，工龄工资在计算经济补偿金时通常应计入计算基数；加班费是否计入存在争议，但多数情况下不计入；变动补贴如属于经常性、固定性的货币性收入，则通常也应计入。在计算其他类型的补偿金时，需根据具体赔偿项目和当地规定来确定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。