结论前置：投标单位缴纳的社保不包含分支机构是否合法，不能一概而论，需分情况讨论。
若分支机构具有独立法人资格：
- 在这种情况下，分支机构作为独立的法律主体，需自行承担社保缴纳义务。总公司（即投标单位主体）的社保缴纳情况，自然不包含其具有独立法人资格的分支机构的社保。这是合法的，因为两者在法律上是独立的个体，各自负责自己的社保缴纳。
若分支机构不具有独立法人资格：
- 对于不具有独立法人资格的分支机构，其法律责任通常由总公司承担。在社保缴纳方面，如果总公司未将分支机构的员工纳入其社保缴纳范围，而分支机构也未自行缴纳，则可能构成违法。因为根据相关法律法规，用人单位（包括分支机构，若其以自己名义从事经营活动且未明确由总公司承担社保义务的）应当为其员工缴纳社会保险费。
- 然而，如果总公司与分支机构之间有明确的内部协议，约定由总公司统一缴纳社保，且该协议符合法律法规的规定，同时实际操作中也确实由总公司为分支机构员工缴纳了社保，那么这种安排是合法的。但关键在于，这种内部协议不能违反法律法规的强制性规定，且必须确保分支机构员工的社保权益得到保障。
额外提醒：在实际操作中，无论分支机构是否具有独立法人资格，都建议投标单位（或总公司）与分支机构之间就社保缴纳问题达成明确、合法的协议，并确保按照协议和法律法规的规定执行。这样可以避免潜在的法律风险，并保障员工的合法权益。
建议：如果您在社保缴纳方面遇到具体问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解答和建议。