结论：针对您提出的问题，即单位未在定岗上注明特殊工种但员工实际从事特殊工种，导致员工55岁不被认定特殊工种的情况，这确实是一个涉及劳动权益的复杂问题。下面我将从多个角度为您详细分析并提供建议。
一、特殊工种认定的一般原则
特殊工种通常指的是那些因工作性质、工作环境或工作条件等因素，对劳动者身体健康有特殊影响的工种。这些工种往往需要特定的技能、经验或身体条件，并且可能伴随着较高的职业风险。在认定特殊工种时，一般会考虑工种的工作性质、工作环境、工作条件以及是否对劳动者身体健康有特殊影响等因素。
二、单位未注明特殊工种的影响
员工权益受损：如果单位未在定岗上注明特殊工种，而员工实际上从事的是特殊工种，那么员工在达到特定年龄（如55岁）时，可能无法享受特殊工种提前退休等优惠政策。这无疑是对员工权益的一种损害。
单位责任：单位有义务明确告知员工其从事的工种性质，包括是否属于特殊工种。如果单位未履行这一义务，导致员工权益受损，单位可能需要承担相应的法律责任。
三、员工如何维护自身权益
收集证据：员工应尽可能收集能够证明自己实际从事特殊工种的证据，如工作记录、工作照片、同事证言等。这些证据将有助于证明员工的工作性质和工作环境，从而支持其特殊工种的认定。
与单位协商：员工可以与单位进行协商，要求单位出具书面证明，确认其实际从事的工种为特殊工种。如果单位拒绝或无法提供证明，员工可以考虑采取进一步措施。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如果协商无果，员工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求确认其特殊工种身份并享受相应待遇。如果对仲裁结果不满，员工还可以向法院提起诉讼，通过法律途径维护自身权益。
四、特殊工种认定的法律程序
提交申请：员工或其代理人需要向当地劳动保障部门提交特殊工种认定的申请，并提供相关证据材料。
审核与调查：劳动保障部门会对申请进行审核，并可能进行实地调查或询问相关人员，以确认员工的工作性质和工作环境。
作出认定决定：根据审核和调查结果，劳动保障部门会作出是否认定员工为特殊工种的决定，并出具书面证明。
五、建议与注意事项
及时行动：员工在发现自己可能从事特殊工种但未被认定时，应及时采取行动，收集证据并申请认定。避免因时间拖延而导致证据丢失或认定难度增加。
保持沟通：在与单位协商或申请认定过程中，员工应保持与单位的良好沟通，尽量通过协商解决问题。如果协商无果，再考虑采取法律手段。
寻求专业帮助：在处理此类复杂问题时，员工可以寻求专业律师的帮助。律师可以提供专业的法律意见和指导，帮助员工更好地维护自身权益。
如果您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和帮助。