在租赁合同中约定由承租人承担发票税费，这一做法在一定条件下是合法的，但必须严格遵守相关法律法规和税务机关的规定。以下是对这一问题的详细解答：
一、合同约定的合法性基础
根据合同法原则，双方当事人在平等、自愿的基础上达成的约定，只要不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，通常具有法律效力。因此，如果租赁合同中明确约定由承租人承担发票税费，这一约定从合同法的角度来看是有效的。但需要注意的是，这种约定只是经济负担的分配，并不改变法定纳税义务主体的身份。
二、税务法规的考量
纳税义务主体：
- 根据税收法律法规，房屋出租方通常是法定的纳税义务人，负责缴纳与房屋租赁相关的税费，如增值税、房产税、个人所得税等。
- 合同中的约定只是明确了税费的承担方，但出租方仍需履行其作为纳税义务人的相关义务，如按时申报、缴纳税款等。
发票开具：
- 发票应当由销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的收款方（即出租方）开具。
- 如果承租人符合税务机关规定的代开发票条件，如通过税务机关代开等合法途径，且按照规定流程操作，承租人代开发票也是可行的。但承租人不得以非法手段获取发票，如虚开发票，这是明确违法的。
三、法律法规的具体规定
《中华人民共和国税收征收管理法》：
- 纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款。
- 如果合同中约定了由承租人承担税费，并且这一约定不违反法律法规的强制性规定，那么这一约定是有效的。
《中华人民共和国发票管理办法》：
- 开具发票的单位和个人有义务按照国家有关规定存放和保管发票，并如实开具。
- 承租人在开具发票时，应确保发票内容的真实性、合法性，并遵循税务机关的相关规定。
四、实际操作与注意事项
明确约定：
- 双方在签订租赁合同时，应明确约定税费的承担方和发票的开具方式，包括税费的种类、计算方式、缴纳时间等，以避免后续产生纠纷。
合法操作：
- 承租人在承担税费时，应确保税费缴纳的合法性和及时性，保留好相关的缴税凭证。
- 如果承租人需要开具发票，应确保通过合法途径进行，如通过税务机关代开，并确保发票内容的真实性、合法性。
咨询专业意见：
- 如果双方对税费承担或发票开具方式有疑问或争议，应及时咨询相关部门或法律专业人士的意见，以确保合同的合法性和有效性。
综上所述，租赁合同中约定由承租人承担发票税费在一定条件下是合法的，但双方必须严格遵守相关法律法规和税务机关的规定，确保税费缴纳的合法性和发票开具的真实性、合法性。同时，合同条款应明确具体，以避免日后产生争议。