关于住房租赁合同中规定承租方负担开具发票的税收是否合法的问题，这需要从多个法律角度进行综合分析。

首先，从合同法的角度来看，双方当事人在平等、自愿的基础上达成的约定，只要不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，通常具有法律效力。然而，在涉及税务和发票管理的问题上，合同约定必须严格遵守相关法律法规。

关于纳税义务主体： 根据税收法律法规，房屋出租方通常是法定的纳税义务人，负责缴纳与房屋租赁相关的税费，如增值税、房产税、个人所得税等。这意味着，尽管合同中可以约定由承租方承担税费的经济负担，但出租方作为法定纳税义务人的身份并未改变，仍需履行其纳税义务。

关于发票开具： 发票的开具是税务管理的重要环节。根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的收款方（即出租方）有义务开具发票。因此，在租赁关系中，出租方作为收款方，承担开具发票的法定义务。合同中若约定由承租方开具发票，将违反这一法规的强制性规定，导致该条款无效。

特殊情况与合法操作： 尽管承租方通常不承担开具发票的义务，但在某些特殊情况下，如承租方符合税务机关规定的代开发票条件，并通过合法途径（如税务机关代开）进行操作，且按照规定流程进行，那么承租方代开发票也是可行的。但必须强调的是，承租方不得以非法手段获取发票，如虚开发票，这是明确违法的。

实际操作建议：

1. 明确约定：双方在签订租赁合同时，应明确约定税费的承担方（可以是承租方，但需明确这是经济负担的分配，不改变法定纳税义务主体），并明确出租方的开票义务，包括发票类型、开具时间、内容要求等。
2. 合法操作：承租方在承担税费时，应确保税费缴纳的合法性和及时性。如需发票，应要求出租方提供合法有效的发票，或在符合税务机关规定的情况下，通过合法途径代开发票。
3. 咨询专业意见：如果双方对税费承担或发票开具方式有疑问或争议，应及时咨询相关部门或法律专业人士的意见，以确保合同条款的合法性和有效性。

综上所述，住房租赁合同中规定承租方负担开具发票的税收，在严格意义上是不合法的，因为开票义务依法应由出租方承担。但双方可以在合同中约定由承租方承担相关税费的经济负担，并明确出租方的开票义务。在操作过程中，双方必须严格遵守相关法律法规和税务机关的规定，确保税费缴纳的合法性和发票开具的真实性、合法性。