针对您提出的“怀孕的员工不主动离职，还在家办公，应该如何处理”的问题，这主要涉及到女职工在孕期的劳动保护权益。以下是根据相关法律法规，为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，根据《女职工劳动保护特别规定》（国务院令第619号）以及《武汉市女职工劳动保护办法》等相关法律法规，用人单位不得因女职工怀孕而降低其工资、予以辞退或与其解除劳动合同。这意味着，怀孕的员工有权继续留在原岗位工作，或者根据医疗机构的证明，调整至更适合其身体状况的工作岗位，且用人单位不得因此降低其工资待遇。
针对您提到的员工在家办公的情况，这通常属于双方协商一致后的工作安排。如果员工因怀孕需要在家办公，且这一安排得到了用人单位的同意，那么员工在家办公期间应视为正常出勤，用人单位应按照原工资标准支付其工资。
如果员工怀孕后确实无法胜任原工作，且双方协商一致后决定调整工作岗位或工作方式（如在家办公），那么用人单位应确保调整后的工作不会对员工的健康造成不利影响，并继续按照调整后的劳动合同和工资制度支付工资。
具体处理建议如下：
与员工沟通：首先，与怀孕员工进行坦诚的沟通，了解其身体状况和工作需求，共同协商确定最适合的工作安排。
调整工作岗位或工作方式：如果员工因怀孕无法胜任原工作，且双方协商一致，可以调整其工作岗位或工作方式（如在家办公），并确保调整后的工作符合其身体状况。
保障工资待遇：无论员工是在原岗位工作还是调整后的岗位工作，用人单位都应按照原工资标准或调整后的工资制度支付其工资，不得因怀孕而降低其工资待遇。
遵守法律法规：在处理怀孕员工的工作安排时，用人单位应严格遵守相关法律法规，确保员工的合法权益得到保障。
总之，怀孕的员工有权享受特殊的劳动保护，用人单位应尊重并保障其合法权益。在处理怀孕员工的工作安排时，应遵循法律法规，与员工进行充分沟通，共同协商确定最适合的工作方案。