针对您提出的“学校中层补贴待遇重复发放是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，从一般原则和规定来看，重复发放补贴待遇是不合法的。补贴和津贴的发放应当遵循公平、公正、合理的原则，且通常会有明确的发放标准和条件。如果同一项工作或同一时间段内的服务被多次以不同的名义发放补贴，这显然违背了补贴发放的初衷和原则。

接下来，我们结合具体案例来进一步说明。以江苏省灌南县委巡察办在灌南中等专业学校发现的违规发放津补贴问题为例，该校领导班子成员在同一天内，以不同的名义（如行政值班费、早自习检查值班费、晚自习督查值班费等）多次领取补贴，这实际上是一次值班发放了多次值班费，属于典型的重复发放。这种行为不仅违反了补贴发放的相关规定，也损害了其他教职工的公平权益。

针对此类问题，相关监管部门（如纪委监委）会进行严肃查处。在灌南中专的案例中，县纪委监委迅速成立了核查组，对该问题线索进行了核查，并对违规发放津补贴的事实进行了确认。最终，相关责任人受到了相应处理，且所领取的补贴也被全部退回。

综上所述，学校中层补贴待遇重复发放是不合法的。这种行为不仅违反了补贴发放的相关规定和原则，也可能损害其他教职工的公平权益。因此，学校应当严格遵守相关规定，确保补贴和津贴的发放公平、公正、合理。如果您或您身边的人遇到了类似问题，建议及时向相关部门反映并寻求帮助。