工程项目超过5年，仍然可以发放工资给农民工，但具体能否发放及发放方式需根据实际情况和法律规定来确定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
劳动关系存续情况：
- 如果农民工与用人单位（如建筑公司、工程承包商等）之间的劳动关系仍然存续，即农民工仍在为该用人单位提供劳动，那么用人单位应当按照约定支付工资。劳动关系的存续并不受工程项目时间长短的限制，只要双方未解除或终止劳动关系，用人单位就有义务支付工资。
- 如果劳动关系已经解除或终止，但双方存在工资支付方面的争议，如用人单位未足额支付工资或拖欠工资等，农民工可以通过法律途径来维护自己的权益，要求用人单位支付应得的工资。
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这意味着，无论工程项目持续多久，只要农民工提供了劳动，用人单位就应当支付工资。
- 如果工程项目因故延长或停滞，但农民工仍然处于待命或准备状态，且这种状态是由用人单位造成的，那么用人单位可能仍然需要支付一定的工资或生活费，具体数额和支付方式可能需要根据双方协商或法律规定来确定。
特殊情况下的工资支付：
- 在某些特殊情况下，如工程项目因不可抗力（如自然灾害、政策调整等）导致长期停滞，且农民工无法提供劳动的，用人单位可能不需要支付全额工资。但这种情况下，用人单位仍然需要按照法律规定或双方协商的结果，支付一定的生活费或补偿金。
- 如果农民工与用人单位之间存在关于工资支付的特殊约定（如按工程进度支付工资、按工作量支付工资等），那么工资的支付方式和时间可能需要根据这些约定来确定。
法律建议：
- 对于农民工来说，如果担心工程项目超过5年后工资支付问题，建议在签订劳动合同时就明确约定工资支付方式、时间和数额等条款，以保障自己的权益。
- 如果发生工资支付争议，农民工可以先与用人单位协商解决；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，甚至通过诉讼途径来维护自己的权益。
总结来说，工程项目超过5年并不影响工资的支付，关键在于农民工与用人单位之间的劳动关系是否存续以及双方关于工资支付的约定。如果发生争议，农民工应当积极寻求法律途径来维护自己的权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。