在代付协议中，通常是由实际提供服务或商品的一方给委托代付方开票，但具体开票方需根据协议约定及实际交易情况确定。以下是对这一问题的详细分析：
一、代付协议的基本法律关系
代付协议，本质上是一种委托付款关系，即一方（委托方）委托另一方（代付方）向第三方（服务或商品提供方）支付款项。在这种关系中，涉及三方主体：委托方、代付方和服务或商品提供方。
二、开票义务的一般原则
在一般的交易关系中，开票义务通常由销售商品或提供服务的一方承担。这是因为发票是交易行为的直接证据，也是税务管理的重要依据。因此，在代付协议中，如果服务或商品是由某一方直接提供给委托方或代付方的，那么该提供方就有义务开具相应的发票。
三、代付协议中的具体开票情况
代付方仅作为付款通道：
- 如果代付方在协议中仅作为付款通道，不参与服务或商品的提供，也不享有服务或商品的所有权，那么开票义务通常应由实际提供服务或商品的一方承担。即，服务或商品提供方应向委托方或代付方（根据协议约定）开具发票。
代付方参与交易并享有权益：
- 如果代付方在协议中不仅作为付款通道，还参与了服务或商品的提供，或者享有一定的权益（如折扣、返利等），那么开票义务可能需要根据协议的具体约定来确定。在这种情况下，代付方可能需要向委托方开具发票，或者与服务或商品提供方共同开具发票。
协议特别约定：
- 除了上述两种情况外，代付协议中还可能包含特别的开票约定。例如，协议可能明确规定由某一方负责开具发票，或者规定发票的开具方式、时间等。在这种情况下，应严格按照协议约定来执行。
四、法律建议
明确协议条款：
- 在签订代付协议时，应明确约定开票义务、开票方式、开票时间等条款，以避免后续纠纷。
保留交易证据：
- 无论由哪一方开具发票，都应保留好相关的交易证据，如合同、付款凭证、发票等，以备不时之需。
咨询专业律师：
- 如果对代付协议中的开票问题存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和解决方案。
如有任何关于代付协议或其他法律问题的疑问，欢迎直接向我咨询。