针对您提出的问题，即公司规定吃饭半小时，但员工吃饭一个小时然而工作已经完成的情况，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，我们需要明确的是，就餐时间原则上属于法定工作时间以外劳动者自由支配的休息时间，可以不计入工作时间。但具体就餐时间的长短，我国尚无法律规定，应由用人单位与劳动者双方约定，或通过集体合同、用人单位的规章制度加以规定。

1. 公司规定与实际情况的对比：

   • 公司明确规定了每餐的用餐时间为半小时，这是公司规章制度的一部分，员工应当遵守。
   • 员工实际用餐时间超过公司规定，达到一个小时，这违反了公司的规章制度。

2. 员工工作完成情况的影响：

   • 尽管员工完成了工作，但这并不改变其违反公司规章制度的事实。工作完成情况与用餐时间的长短是两个独立的问题，不能相互抵消或替代。

3. 处理建议：

   • 沟通与教育：首先，公司可以与员工进行沟通，了解其延长用餐时间的原因，并对其进行教育，强调遵守公司规章制度的重要性。
   • 规章制度执行：如果沟通教育无效，公司应依据规章制度对员工进行相应的处理，如警告、罚款或扣除部分绩效奖金等，以维护规章制度的严肃性。
   • 考虑实际情况：同时，公司也可以考虑是否需要对规章制度进行修订，以更合理地安排员工的用餐时间，特别是在工作强度较大或用餐条件有限的情况下。

4. 法律风险与合规性：

   • 公司在处理此类问题时，应确保处理措施符合相关法律法规的规定，避免侵犯员工的合法权益。
   • 如果员工对公司的处理措施提出异议，公司应积极应对，通过合法途径解决争议，如劳动仲裁或诉讼等。

综上所述，尽管员工完成了工作，但其延长用餐时间的行为仍然违反了公司的规章制度。公司应依据规章制度进行处理，并考虑是否需要对规章制度进行修订以更合理地安排员工的用餐时间。同时，公司在处理过程中应确保合规性，避免法律风险。