综合工时制下的工资是否可以包含加班费，需根据具体情况判断，但核心原则是：只要劳动者在法定节假日工作或在综合计算周期内的工作时间超过了法定标准工作时间，用人单位就应当支付相应的加班费，这部分加班费通常不会包含在综合工资内，除非劳动合同中有明确且合法的约定。以下是对此问题的详细分析：
一、综合工时制下加班费的支付条件
法定节假日加班：
- 无论劳动者在综合计算周期内的实际工作时间如何，只要在法定节假日提供了劳动，用人单位就必须按照不低于劳动者本人日或小时工资的300%支付加班工资。这一规定是强制性的，且不能以调休或补休来替代。
综合计算周期内工作时间超过法定标准工作时间：
- 在综合计算周期内，如果劳动者的实际工作时间总数超过了该周期的法定标准工作时间总数（如某季度为500小时），那么超出部分应视为延长工作时间。对于这部分超时工作，用人单位应按照不低于劳动者本人小时工资的150%支付加班工资。
综合计算周期内未超过法定标准工作时间：
- 如果劳动者的实际工作时间总数在综合计算周期内未超过法定标准工作时间总数（即使在某一日或某一周内超过了标准工作时间），则通常不视为加班，用人单位无需支付加班费。例如，以月为计算周期，员工全月累计工作时间未超过166.64小时，则不存在加班情况。
二、综合工资与加班费的关系
综合工资通常不包含加班费：
- 综合工资作为职工的总收入概念，一般包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等构成部分，但不包含因加班而产生的额外报酬。加班费属于“延长工作时间的工资报酬”，应单独计算。
特定情况下综合工资可能包含加班费：
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定综合工资包含了加班费，且该约定不违反法律法规（如折算后正常工作时间工资不低于当地最低工资标准），那么综合工资可以包含加班费。但这种情况较为特殊，且需要严格的合同约定和折算标准。
三、法律建议与提醒
- 查看劳动合同：劳动者应仔细查看自己的劳动合同，了解其中关于工资构成和加班费支付的约定。
- 咨询与维权：如果对综合工资是否包含加班费存在疑问或争议，或者用人单位未依法支付加班费，劳动者可以向用人单位提出质疑，并寻求专业法律帮助或向当地劳动监察部门投诉。
- 保留证据：在维权过程中，劳动者应保留好相关证据，如工资条、考勤记录、劳动合同等，以便在需要时提供证明。
举例说明：假设某员工与用人单位约定月综合工资为8000元，并明确其中包含了可能产生的加班费。若该员工每月正常出勤并有一定时长的加班，且该8000元在考虑加班时长等因素后，折算下来的正常工作时间工资达到了当地最低工资标准，则此时综合工资被视为包含了加班费。但如果劳动合同中没有明确约定，或者虽然约定但折算后正常工作时间工资低于当地最低工资标准，则用人单位需另行支付加班费。
综上所述，综合工时制下的工资是否可以包含加班费需根据具体情况判断，但无论如何，用人单位都应确保支付给劳动者的工资不低于当地最低工资标准，并依法支付加班费。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。