施工方已开具发票给甲方，但甲方不慎丢失的，可按以下方式处理：

1. 联系施工方重新开具发票或提供发票复印件加盖公章
   根据《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第三十一条规定，使用发票的单位和个人应当妥善保管发票。发生发票丢失情形时，应当于发现丢失当日书面报告税务机关，并登报声明作废。
   实务中，甲方可要求施工方：

   • 重新开具发票：若原发票未被施工方作废且未超过开票当月，施工方可直接作废原发票并重新开具；若已跨月或原发票已认证抵扣，则需施工方向税务机关申请开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》，凭此证明及施工方留存的发票记账联复印件（加盖公章）作为入账凭证。
     
   • 提供发票复印件加盖公章：若无法重新开具，施工方可提供加盖公章的发票记账联复印件，甲方需附情况说明（注明发票丢失原因、金额、税号等信息）及施工方出具的证明文件，作为财务入账依据。

2. 向税务机关报告并登报声明作废（针对专票）
   若丢失的是增值税专用发票，甲方需按《国家税务总局关于增值税发票综合服务平台等事项的公告》（国家税务总局公告2020年第1号）要求，在发现丢失当日书面报告主管税务机关，并登报声明作废（部分地区已取消登报要求，需以当地税务机关规定为准）。
   注意：若丢失的是普通发票，无需登报，但需按税务机关要求提交书面报告及情况说明。

3. 财务处理与税务合规

   • 甲方：需在财务账簿中记录发票丢失情况，并附施工方提供的替代凭证（如复印件、证明单等），确保入账凭证合法有效。
     
   • 施工方：需配合甲方提供必要证明文件，并妥善保管自身留存的发票联次，避免因甲方丢失导致自身税务风险（如被要求重复开具发票）。

建议：为避免类似风险，双方可在合同中明确发票交付、保管及丢失责任条款（如约定由甲方承担保管责任，丢失后自行承担补办费用及税务风险）。若涉及大额交易，可考虑通过电子发票系统交付发票，降低丢失风险。

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程或税务合规细节。