在劳务派遣关系中，员工申请劳动仲裁时，赔付款的支付主体需根据具体争议事项和责任归属来确定，可能是派遣公司出，也可能是用工单位出，或者二者共同承担。以下从不同角度进行分析：

一、派遣公司作为责任主体的情况

根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十八条：“劳务派遣单位是本法所称用人单位，应当履行用人单位对劳动者的义务”。这意味着，派遣公司作为法律上的用人单位，与员工建立劳动关系，承担主要的劳动法义务。因此，在以下情况下，赔付款通常由派遣公司承担：

1. 未依法签订劳动合同：如派遣公司未与员工签订书面劳动合同，员工要求支付双倍工资差额的，责任主体为派遣公司。
2. 未依法支付劳动报酬：包括拖欠工资、加班费、未休年假工资等，责任主体为派遣公司。
3. 未依法缴纳社会保险：如派遣公司未为员工缴纳社会保险，导致员工无法享受社保待遇的，责任主体为派遣公司。
4. 违法解除或终止劳动合同：如派遣公司违法解除或终止与员工的劳动合同，员工要求支付赔偿金的，责任主体为派遣公司。

二、用工单位作为责任主体的情况

虽然派遣公司是法律上的用人单位，但用工单位在实际用工过程中也承担一定的责任。根据《中华人民共和国劳动合同法》第九十二条：“用工单位给被派遣劳动者造成损害的，劳务派遣单位与用工单位承担连带赔偿责任”。因此，在以下情况下，用工单位可能需承担赔付款：

1. 用工单位违法行为导致员工损害：如用工单位违反劳动安全卫生规定，导致员工受伤或患职业病的，用工单位需承担赔偿责任。此时，派遣公司可能因未尽到监督义务而承担连带责任，但主要责任仍在用工单位。
2. 用工单位直接侵害员工权益：如用工单位对员工进行侮辱、体罚、非法搜查等侵害人格权的行为，员工要求赔偿的，责任主体为用工单位。

三、派遣公司与用工单位共同承担责任的情况

在劳务派遣关系中，有些情况下派遣公司与用工单位需共同承担责任。例如：

1. 未依法支付经济补偿：如因劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经派遣公司与员工协商，未能就变更劳动合同内容达成协议，而派遣公司解除劳动合同的，需支付经济补偿。若用工单位在此过程中存在过错（如未提供必要的协助或支持），导致派遣公司无法依法支付经济补偿的，用工单位可能需与派遣公司共同承担责任。
2. 连带赔偿责任：如前所述，根据《中华人民共和国劳动合同法》第九十二条，用工单位给被派遣劳动者造成损害的，劳务派遣单位与用工单位承担连带赔偿责任。这意味着，在用工单位存在过错导致员工损害的情况下，员工可以要求派遣公司和用工单位共同承担赔偿责任。

实际操作建议

1. 明确争议事项：员工在申请劳动仲裁前，应明确争议事项和责任归属，以便确定正确的被申请人。
2. 收集证据：员工应收集与争议事项相关的证据，如劳动合同、工资单、考勤记录、工作证等，以证明自己的主张。
3. 咨询专业律师：由于劳务派遣关系涉及多方主体和复杂法律关系，员工在申请劳动仲裁前最好咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。

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