结论：公司不发底薪而与员工签订合作合同的行为，是否违法需根据具体情况判断，但多数情况下可能涉嫌违法，尤其是当合作合同实质上掩盖了劳动关系时。

分析如下：

1. 劳动关系的认定：

   • 根据《劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知》，劳动关系是指用人单位招用劳动者为其成员，劳动者在用人单位的管理下提供有报酬的劳动而产生的权利义务关系。
   • 如果员工实际上是在公司的管理和指挥下工作，接受公司的考勤、考核等管理制度，且主要工作为公司业务组成部分，那么即使签订的是合作合同，也可能被认定为劳动关系。

2. 底薪的性质与法律规定：

   • 底薪是劳动者在正常工作时间内应得的最低报酬，是劳动报酬的一部分。
   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬，且劳动报酬不得低于当地最低工资标准。

3. 合作合同与劳动关系的冲突：

   • 如果合作合同实质上是为了规避劳动法的规定，如不支付底薪、不缴纳社会保险等，那么这种合同可能被视为无效或部分无效。
   • 特别是当合作合同中的条款与劳动法的强制性规定相冲突时，如不支付底薪，这些条款将不会被法律所认可。

4. 可能的法律后果：

   • 如果公司被认定为与员工存在劳动关系，但未支付底薪，那么公司可能面临劳动行政部门的处罚，包括责令支付拖欠的工资、加付赔偿金等。
   • 员工也有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付拖欠的工资及相应的经济补偿。

建议：

• 对于员工而言，如果怀疑自己与公司之间实际上是劳动关系而非合作关系，可以收集相关证据（如工作证、考勤记录、工作邮件、工资条等）向劳动行政部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
• 对于公司而言，应谨慎处理与员工之间的合同关系，确保合同内容合法合规，避免因为合同条款不当而引发法律纠纷。如果确实需要与员工建立合作关系，应明确双方的权利义务，并确保不违反劳动法的强制性规定。

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