私自占用耕地建房且已立案，意味着该行为涉嫌违反土地管理相关法律法规，相关部门已启动法律程序进行调查处理。以下从多个角度为你详细分析：

1. 法律定性：违反土地管理法规

根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条、第七十八条等规定，未经批准非法占用土地（包括耕地）建房的，属于违法行为。具体可能涉及：

• 非法占用农用地罪（若占用耕地数量较大或造成严重毁坏）：根据《刑法》第三百四十二条，可能面临五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
• 行政处罚：若未达到刑事立案标准，可能面临责令退还土地、限期拆除房屋、恢复土地原状，并处罚款（每平方米100元至1000元）。

2. 立案主体与程序

• 立案主体：通常由县级以上人民政府自然资源主管部门（原国土资源局）或农业农村部门调查，若涉嫌犯罪，会移送公安机关立案侦查。
• 程序流程：
  1. 调查取证：相关部门会核实土地性质（是否为基本农田）、占用面积、建房时间等。
  2. 行政处罚或刑事立案：根据调查结果决定行政处罚或移送司法机关。
  3. 执行阶段：若责令拆除，当事人需在期限内自行拆除；逾期未拆，可能被强制执行。

3. 当事人的权利与义务

• 权利：
  • 收到《责令改正违法行为通知书》或《行政处罚决定书》后，可在60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。
  • 若对土地性质（如是否为耕地）有异议，可申请行政复议或要求重新鉴定。
• 义务：
  • 配合调查，提供建房审批文件（如有）。
  • 停止违法行为，按要求整改或拆除房屋。

4. 可能后果与应对建议

• 后果：
  • 若房屋被认定为违法建筑，可能面临强制拆除，且无补偿。
  • 若被追究刑事责任，会留下案底，影响个人征信及子女政审。
• 建议：
  1. 立即停止施工：避免进一步扩大违法后果。
  2. 核实土地性质：通过当地自然资源局查询土地规划用途，确认是否为耕地。
  3. 补办手续（如可能）：若符合规划，可尝试补办农用地转用审批手续（但基本农田严禁非农建设）。
  4. 咨询专业律师：根据案件阶段（行政调查或刑事立案），制定辩护策略，争取从轻处理（如主动拆除、缴纳罚款等）。

5. 特殊情形：历史遗留问题

若房屋建于2020年7月3日（新《土地管理法实施条例》施行日）之前，且符合“一户一宅”等条件，可能适用“历史遗留问题处理政策”，但需以当地政策为准。建议尽快向乡镇政府或自然资源部门咨询具体政策。

如有进一步疑问或需要具体法律帮助，可直接向我提问，我会结合你的案件细节提供针对性建议。