上班期间生病住院手术，用人单位扣除工资一般是不合法的，但具体需根据实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

1. 医疗期内的工资支付规定

根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。在医疗期内，用人单位不得解除劳动合同，且应当按照以下标准支付病假工资或疾病救济费：

• 病假工资：病假工资可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。具体比例由用人单位与劳动者在劳动合同中约定，或者由用人单位规章制度规定，但不得违反上述最低标准。
• 疾病救济费：对于停工医疗期超过六个月的，病伤职工需要领取疾病救济费的，由企业按下列标准支付：
  • 工龄不满一年的，为本人工资的40%；
  • 工龄满一年不满三年的，为本人工资的50%；
  • 工龄三年及以上的，为本人工资的60%。

举例说明：假设某员工在单位工作满三年，因生病住院手术需要停工医疗，且医疗期在六个月以内。若当地最低工资标准为2000元，该员工病假工资不得低于1600元（2000元×80%）。若医疗期超过六个月，则疾病救济费为本人工资的60%。

2. 用人单位扣除工资的合法性分析

• 合法情形：如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了病假期间的工资支付标准，且该标准不低于上述法定最低标准，那么用人单位按照约定扣除工资是合法的。
• 非法情形：如果用人单位未与劳动者约定病假工资支付标准，或者约定的标准低于法定最低标准，那么用人单位擅自扣除工资就是违法的。此外，如果劳动者在医疗期内，用人单位以劳动者生病为由解除劳动合同或降低工资标准，也是违法的。

3. 劳动者的维权途径

如果劳动者认为用人单位扣除工资的行为违法，可以采取以下途径维权：

• 与用人单位协商：首先尝试与用人单位沟通，说明情况并要求按照法律规定支付病假工资。
• 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查并处理。
• 申请劳动仲裁：如果投诉仍未解决问题，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付拖欠的工资及可能的赔偿金。

4. 特殊情况下的考虑

• 非全日制员工：对于非全日制员工，由于其工作性质特殊，病假期间的工资支付可能不受上述规定约束，具体需根据劳动合同或用人单位规章制度确定。
• 因工负伤：如果劳动者因工负伤需要住院手术，那么应按照工伤保险的相关规定处理，与因病住院的情况不同。

总结与建议：上班期间生病住院手术，用人单位扣除工资一般是不合法的，除非劳动合同或规章制度中有明确且合法的约定。劳动者在遇到此类情况时，应首先了解自己的权益和法律规定，然后与用人单位协商或采取其他维权途径。如果你有具体的法律问题或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。