核心结论：骑手已取餐但配送超时，顾客申请退款的处理方式需分情况讨论，主要取决于平台规则、商家态度及退款原因合理性。以下是具体分析：

1. 平台规则优先适用
   主流外卖平台（如美团、饿了么）均设有“超时赔付”机制。若骑手配送超时且顾客申请退款，平台通常会自动触发赔付流程，将餐费原路退回顾客账户，同时可能向顾客发放优惠券作为补偿。此时顾客无需与商家或骑手协商，直接通过平台申请退款即可。
   法律依据：根据《电子商务法》第61条，平台经营者应建立便捷、有效的投诉、举报机制，公开投诉、举报方式等信息。平台规则作为双方服务协议的组成部分，具有法律约束力。

2. 商家拒绝退款的处理
   若商家以“骑手已取餐”为由拒绝退款，顾客可分两步维权：

   • 第一步：固定证据
     保存订单截图（含超时记录）、与商家的沟通记录、餐品照片（如未收到或餐品损坏），证明退款原因与超时直接相关。
     
   • 第二步：向平台投诉
     通过平台客服渠道提交证据，要求平台介入处理。平台有权依据规则强制商家退款，并对商家进行扣分、降权等处罚。
     法律依据：根据《消费者权益保护法》第26条，经营者不得以格式条款、通知、声明等方式作出排除或限制消费者权利的规定。商家以“骑手已取餐”为由拒绝退款，可能涉嫌侵犯消费者公平交易权。

3. 特殊情形下的责任划分

   • 骑手故意拖延：若骑手因个人原因（如同时接多单、中途休息）导致超时，平台应承担主要责任，顾客退款诉求应获支持。
     
   • 不可抗力因素：如极端天气、交通管制等导致超时，平台可能免除骑手责任，但顾客仍有权申请退款（平台可能以优惠券形式补偿）。
     
   • 商家出餐延迟：若超时因商家出餐慢导致，顾客可要求商家承担部分责任（如退款或补偿），但需提供平台记录的出餐时间作为证据。
     法律依据：根据《民法典》第590条，当事人一方因不可抗力不能履行合同的，部分或全部免除责任，但法律另有规定的除外。

建议行动：

1. 优先通过平台申请退款，利用自动赔付机制快速解决问题；
   
2. 若商家拒绝，立即向平台投诉并提交证据，要求平台介入；
   
3. 如涉及金额较大或平台处理不公，可向当地市场监督管理部门投诉（电话12315）或通过“全国12315平台”在线维权。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情提供更详细的法律分析。