当法院判决拆迁协议部分有效、部分无效，且无效部分已经归还时，双方应根据判决结果和实际情况，采取相应的措施来维护自身权益。以下是从不同角度给出的分析和建议：

一、理解判决内容，明确无效与有效部分

首先，双方应仔细研读法院的判决书，明确拆迁协议中哪些部分被认定为无效，哪些部分仍然有效。这是后续采取措施的基础。无效部分可能涉及签订主体不合法、签订过程中存在欺诈胁迫行为、违反法律法规的强制性规定等。而有效部分则继续对双方具有约束力。

二、被拆迁人的应对策略

1. 确认归还情况：

   • 被拆迁人应确认无效部分是否已经按照法院判决的要求归还。如果拆迁方已经归还，被拆迁人应检查归还的财产是否完好无损，是否符合判决要求。
   • 如果拆迁方未按照判决要求归还，被拆迁人可以向法院申请强制执行，要求拆迁方履行判决义务。

2. 争取合理补偿安置：

   • 对于无效部分导致的损失，被拆迁人有权要求拆迁方进行赔偿或重新协商补偿安置方案。
   • 被拆迁人可以基于房屋实际情况和当地拆迁政策，提出合理的补偿要求，并与拆迁方进行协商。如果协商无果，可以向房屋拆迁管理部门申请行政裁决或复议，或者向法院提起诉讼。

3. 保护房屋免受非法拆除：

   • 在补偿安置问题解决前，被拆迁人应密切关注房屋状态，防止拆迁方违法强拆。
   • 如发现强拆迹象，应及时向公安机关报案，并考虑向法院申请先予执行裁定，制止违法行为。

三、拆迁方的应对策略

1. 履行判决义务：

   • 拆迁方应按照法院判决的要求，及时归还无效部分涉及的财产或进行相应的赔偿。
   • 如果拆迁方未履行判决义务，被拆迁人可以向法院申请强制执行，拆迁方将面临法律制裁。

2. 重新协商并签订协议：

   • 拆迁方可以与被拆迁人重新协商补偿安置事项，确保新协议合法有效。
   • 在协商中，拆迁方应充分尊重被拆迁人的权益，提供合理的补偿方案，以达成双方都能接受的协议。

3. 承担法律责任：

   • 如因协议无效给被拆迁人造成损失，拆迁方应依法承担赔偿责任，包括直接损失和间接损失。
   • 拆迁方应深入剖析协议无效的原因，总结拆迁工作流程和协议签订管理中存在的问题，以便未来避免类似错误。

四、遵循法律程序的重要性

在处理拆迁协议部分有效、部分无效的问题时，双方均应严格遵循法律程序。这包括明确诉讼主体、收集相关证据、向有管辖权的法院提起诉讼、积极参与庭审与辩论等。法院将依据法律规定和证据情况作出判决，确认协议无效部分，并依法处理相关事宜。

最后，我想强调的是，拆迁协议部分有效、部分无效的情况可能涉及复杂的法律问题和利益纠葛。因此，在处理此类问题时，双方应保持冷静和理性，通过合法途径维护自身权益。如果双方无法自行协商解决争议，建议及时寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自身合法权益。 有问题可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。