针对您提出的“拆迁协议无效但实体权利已得到补偿，法院如何判决”的问题，以下是我的详细解答：

结论前置：当拆迁协议被认定无效，但实体权利（如拆迁补偿）已得到实际履行时，法院会根据具体情况，综合考虑协议无效的原因、双方当事人的过错程度、实体权利是否已合理补偿等因素，作出相应的判决。可能的判决结果包括确认协议无效、要求返还因协议取得的财产、赔偿损失等。

一、协议无效的原因与后果

拆迁协议无效的原因可能包括违反法律法规的强制性规定、存在欺诈、胁迫等情形。一旦协议被认定无效，其法律后果是协议自始没有法律约束力，双方应恢复到协议签订前的状态。

二、实体权利已得到补偿的处理

1. 若补偿合理且双方无异议：

   • 尽管协议无效，但如果拆迁补偿已经实际履行，且补偿标准合理、双方对此无异议，法院可能会尊重这一事实，不再要求返还补偿或进行额外赔偿。

2. 若补偿不合理或存在争议：

   • 若补偿标准不合理或双方对补偿存在争议，法院可能会根据相关法律法规和实际情况，对补偿进行重新评估，并要求过错方承担相应的法律责任，包括返还部分或全部补偿款、赔偿损失等。

三、法院判决的考量因素

1. 双方过错程度：

   • 法院会审查双方在签订协议时是否存在过错，如是否存在欺诈、胁迫等不正当手段，以及双方对协议无效后果的预知程度等。

2. 实体权利是否已合理补偿：

   • 法院会评估被拆迁人是否已得到合理补偿，以及补偿是否与其实际损失相符。

3. 社会公共利益与公平原则：

   • 法院在判决时会考虑社会公共利益和公平原则，确保判决结果既维护法律秩序，又保护当事人的合法权益。

四、法律建议

1. 保留证据：

   • 无论协议是否有效，当事人都应妥善保留相关证据，如协议文本、补偿凭证、沟通记录等，以备不时之需。

2. 协商解决：

   • 在协议无效的情况下，双方应首先尝试通过协商解决问题，避免不必要的法律纠纷。

3. 寻求法律援助：

   • 如遇复杂或争议较大的情况，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。

综上所述，拆迁协议无效但实体权利已得到补偿时，法院的判决会根据具体情况而定。双方应保留证据、尝试协商解决，并在必要时寻求法律援助以维护自己的合法权益。