房屋协议被认定无效后，拆迁赔偿需根据无效原因、房屋实际权属及拆迁政策综合确定，具体分以下情况处理：
1. 协议无效的常见原因及法律后果
房屋协议（如买卖、赠与、合作建房等）被认定无效，通常因违反法律强制性规定（如无产权证房屋买卖、农村宅基地非法转让给非本集体成员）或存在欺诈、胁迫等情形。根据《民法典》第157条，协议无效后，因该协议取得的财产应返还；不能返还或无必要返还的，应折价补偿；有过错的一方需赔偿对方损失，双方均有过错的，按过错比例分担。
关键点：协议无效不直接决定拆迁赔偿归属，需结合房屋实际权属、出资情况及过错责任综合判断。
2. 拆迁赔偿的分配规则
（1）房屋权属明确时
- 若房屋归原所有权人所有：拆迁赔偿（包括房屋补偿、安置权益等）原则上归原所有权人，但需返还购房款（如买卖协议无效）或补偿对方出资（如合作建房协议无效）。
- 若房屋归实际出资人所有（如农村小产权房合作建房，出资人实际占有使用多年）：需结合拆迁政策及地方实践，部分地区可能认可实际出资人的“居住权益”或“安置资格”，但土地补偿款通常归集体或原土地使用权人。
（2）房屋权属争议时
- 若双方对房屋权属存在争议（如买卖协议无效后，买方主张“善意取得”），需通过诉讼或行政程序确认权属，再由拆迁方根据生效法律文书分配赔偿。
- 特殊情形：若房屋因历史原因未办理产权证（如老旧私房、单位福利房），需结合建房审批文件、实际使用情况等证据认定权属。
3. 拆迁政策的直接影响
拆迁赔偿的具体项目（如房屋补偿、搬迁费、安置房等）及标准由地方拆迁政策决定。例如：
- 城市国有土地上房屋拆迁：依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》，补偿对象为房屋所有权人，但协议无效后，实际使用人可能主张“停产停业损失”等补偿。
- 农村集体土地上房屋拆迁：依据《土地管理法》及地方实施细则，补偿包括土地补偿费、安置补助费及地上附着物补偿，其中土地补偿费归集体，安置补助费及房屋补偿可能归实际使用人（需结合协议无效原因及地方政策）。
4. 实务建议
- 收集证据：保留房屋建设审批文件、出资凭证、实际使用证明（如水电费缴纳记录）等，以证明权属或出资事实。
- 协商或诉讼：与拆迁方或对方协商赔偿分配；若协商不成，及时起诉确认权属或主张赔偿，避免错过拆迁期限。
- 关注地方政策：拆迁政策具有地域性，需结合当地规定（如小产权房处理意见、安置资格认定标准）制定策略。
提示：房屋协议无效后的拆迁赔偿涉及物权、合同、行政法等多领域交叉问题，建议根据具体案情委托律师分析证据、制定方案，以最大限度维护权益。