结论概述：农村房屋协议无效后的赔偿问题，需根据协议无效的原因、双方过错程度、房屋实际经营状况及损失情况等多方面因素综合判断。以下从不同角度详细分析：
协议无效的原因及过错划分
- 原因多样：农村房屋协议可能因违反法律强制性规定（如未经批准转让宅基地使用权）、违背公序良俗（如恶意串通损害他人利益）或存在欺诈、胁迫等情形而无效。
- 过错划分：协议无效后，需根据双方过错程度划分责任。若因一方过错导致协议无效，该方应承担主要赔偿责任；若双方均有过错，则按过错比例分担损失。
赔偿范围及计算
- 直接损失：包括因协议无效而直接导致的财产损失，如已支付的购房款、房屋装修费用等。这些损失通常根据实际支出凭证进行计算。
- 间接损失：若房屋在经营中，因协议无效导致经营中断或收益减少，可能构成间接损失。间接损失的计算需考虑经营状况、市场因素等，通常较为复杂，可能需要专业评估机构进行评估。
- 信赖利益损失：若一方因信赖协议有效而进行了合理投入（如购买设备、招聘员工等），因协议无效导致这些投入无法收回，可主张信赖利益损失。信赖利益损失的计算需考虑投入合理性、预期收益等因素。
房屋经营状况对赔偿的影响
- 经营收益：若房屋在经营中且产生收益，协议无效后，双方可能需就经营收益进行分配或赔偿。分配或赔偿比例需根据双方过错程度、经营贡献等因素综合判断。
- 经营风险：经营过程中可能存在风险（如市场波动、政策变化等），这些风险通常由经营者自行承担。但若因协议无效导致经营风险加剧或无法规避，可能需考虑在赔偿中予以适当调整。
法律程序及建议
- 协商解决：双方可首先尝试通过协商解决赔偿问题，以节省时间和成本。
- 诉讼途径：若协商无果，可向法院提起诉讼，由法院根据事实和法律进行判决。在诉讼过程中，需提供充分证据证明自己的损失及对方过错程度。
- 专业评估：对于复杂或争议较大的赔偿问题，建议聘请专业评估机构进行评估，以提供客观、准确的损失依据。
具体行动建议：
- 收集并整理与协议无效相关的所有证据，包括协议文本、支付凭证、装修合同、经营记录等。
- 评估自身损失情况，包括直接损失、间接损失及信赖利益损失等，并尽可能提供详细计算依据。
- 考虑对方过错程度及自身在协议签订和履行过程中的行为，合理预估赔偿比例。
- 如需进一步法律帮助或咨询，可直接向我提问，我将根据具体情况提供专业法律意见。