当法院判决拆迁协议部分有效、部分无效时，双方应根据判决结果和实际情况，采取相应的措施来维护自身权益。以下是从不同角度给出的具体分析和建议：

一、理解判决内容

首先，双方应仔细研读法院的判决书，明确拆迁协议中哪些部分被认定为有效，哪些部分被认定为无效，以及无效的具体原因。这有助于双方后续采取针对性的措施。

二、被拆迁人的应对策略

1. 针对有效部分：

   • 如果协议中的有效部分涉及补偿安置等核心条款，且这些条款对被拆迁人有利，那么被拆迁人可以依据这些条款要求拆迁方履行义务，如支付补偿款、提供安置房等。

2. 针对无效部分：

   • 重新协商：基于无效部分的事实，被拆迁人可以主动与拆迁方重新沟通，就无效部分的内容进行协商，力求达成新的、合法的补偿安置协议。
   • 申请行政裁决或复议：若协商无果，且符合相关规定，被拆迁人可以向房屋拆迁管理部门申请行政裁决，或由上一级行政机关进行行政复议，以寻求公正的补偿方案。
   • 提起诉讼：若上述途径均无法满足诉求，被拆迁人可以向法院提起民事诉讼或行政诉讼（视具体情况而定），要求拆迁方就无效部分承担相应的法律责任，如赔偿损失等。

3. 保护房屋安全：在补偿安置问题解决前，被拆迁人应密切关注房屋状态，防止拆迁方违法强拆。如发现强拆迹象，应及时向公安机关报案，并考虑向法院申请先予执行裁定，制止违法行为。

三、拆迁方的应对策略

1. 分析无效原因：拆迁方应深入剖析协议无效的原因，总结拆迁工作流程和协议签订管理中存在的问题，以便未来避免类似错误。

2. 重新协商并签订协议：秉持公平、公正原则，拆迁方应与被拆迁人重新协商补偿安置事项，确保新协议合法有效。在协商中，应充分尊重被拆迁人的权益，提供合理的补偿方案。

3. 承担法律责任：如因协议无效给被拆迁人造成损失，拆迁方应依法承担赔偿责任，包括直接损失和间接损失。这有助于维护被拆迁人的合法权益，也有助于拆迁方树立良好的社会形象。

4. 规范拆迁程序：拆迁方应全面审查拆迁项目，确保从拆迁许可、公告发布到评估机构选定等各环节均合法合规。这有助于保障后续拆迁工作的顺利进行，减少不必要的法律纠纷。

四、遵循法律程序的重要性

在处理拆迁协议部分有效、部分无效的问题时，双方均应严格遵循法律程序。这包括明确诉讼主体、收集相关证据、向有管辖权的法院提起诉讼、积极参与庭审与辩论等。法院将依据法律规定和证据情况作出判决，确认协议无效部分，并依法处理相关事宜。

最后需要强调的是，拆迁协议部分有效、部分无效的情况可能涉及复杂的法律问题和利益关系。因此，在处理此类问题时，双方应保持冷静和理性，通过合法途径维护自身权益。如果双方在处理过程中遇到任何疑问或困难，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。