针对您提出的“法院判决律师费由败诉方承担后，发票怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则的相关规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，在对外发生经营业务并收取款项时，收款方应当向付款方开具发票。这是发票开具的基本原则，也适用于律师费的支付场景。

在法院判决律师费由败诉方承担的情况下，虽然律师费的支付方发生了变化（即由原本的委托方变为了败诉方），但律师服务的提供方（律所）与接收方（在正常情况下为委托方，但在此特殊情况下为败诉方）之间的经营业务关系并未改变。因此，律所仍然需要按照相关规定，向实际支付律师费的败诉方开具发票。

具体来说，律所在收到败诉方支付的律师费后，应当确认该笔款项为营业收入，并据此开具正式的发票。发票的开具应当符合税务部门的相关规定，包括发票的种类、格式、内容等，以确保发票的合法性和有效性。

此外，我还注意到，如果律所在代理案件过程中存在未及时开具正式发票等违反规定收取费用的行为，可能会面临税务部门或司法行政机关的处罚。例如，北京市海淀区司法局就曾对某律所在代理案件中未及时开具正式发票的行为进行了行政处罚。因此，律所应当严格遵守相关规定，确保发票的及时开具和合规性。

综上所述，当法院判决律师费由败诉方承担时，律所应当向实际支付律师费的败诉方开具发票，并确保发票的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时联系税务部门或相关法律专业人士进行咨询。