企业部门被合并时，原负责人的处理方式主要取决于合并的具体形式、公司章程、劳动合同以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、合并形式与原负责人处理
吸收合并：
- 在吸收合并中，一个公司（吸收方）吸收其他公司（被吸收方），被吸收方解散，其法人资格消灭。
- 原负责人处理：若原负责人与吸收方公司有劳动合同关系，且吸收方愿意继续聘用，则原负责人可能继续在吸收方公司担任相应职务；若原负责人与被吸收方公司的劳动合同因合并而终止，且吸收方未提供新的工作机会，则原负责人可能面临失业，但有权依法获得经济补偿。
新设合并：
- 在新设合并中，两个或两个以上的公司合并设立一个新的公司，合并各方解散，法人资格均消灭。
- 原负责人处理：原负责人与合并各方的劳动合同均因合并而终止。新设公司可能根据业务需要，重新招聘或安排原负责人担任新职务。若新设公司未提供新的工作机会，原负责人同样有权依法获得经济补偿。
二、公司章程与劳动合同的影响
公司章程规定：
- 公司章程是公司内部的“宪法”，对公司、股东、董事、监事、高级管理人员等具有约束力。
- 原负责人处理：若公司章程对合并时原负责人的处理有明确规定，如提供特定的补偿、安排新的职务等，则应按照公司章程的规定执行。
劳动合同约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
- 原负责人处理：若原负责人与合并前的公司签订了劳动合同，且劳动合同中对合并时的处理有约定，如提供经济补偿、安排新的工作等，则应按照劳动合同的约定执行。若劳动合同未约定或约定不明确，则应依据相关法律法规的规定处理。
三、相关法律法规的规定
《中华人民共和国公司法》：
- 该法规定了公司合并、分立、解散等事项的程序和要求，但并未直接规定原负责人的具体处理方式。
- 间接影响：公司合并时，应依法进行清算、通知债权人、公告等程序，这些程序可能间接影响原负责人的权益，如经济补偿的支付等。
《中华人民共和国劳动合同法》：
- 该法规定了劳动合同的订立、履行、变更、解除和终止等事项，以及用人单位和劳动者的权利和义务。
- 原负责人处理：根据该法，公司合并导致劳动合同终止的，用人单位应依法向劳动者支付经济补偿。经济补偿的标准按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
四、实际操作建议
了解合并详情：
- 原负责人应首先了解合并的具体形式、合并各方的主体情况、合并后的公司架构等，以便更好地判断自己的权益和可能面临的处境。
审查公司章程和劳动合同：
- 原负责人应仔细审查公司章程和劳动合同中关于合并时处理的规定，确保自己的权益得到保障。
与用人单位沟通：
- 原负责人应与用人单位（合并后的公司或吸收方公司）进行沟通，了解用人单位对自己的安排和意图，以便做出合理的决策。
寻求法律援助：
- 若原负责人与用人单位在合并时的处理上存在争议或无法达成一致意见，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。
如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律解答。