关于公司是否知道员工体检查出疾病的情况，这主要取决于公司是否获取了体检报告或相关医疗信息。以下从几个不同角度进行分析：
公司直接获取体检报告的情况：
- 如果公司组织体检时，明确要求员工将体检报告提交给公司，或者体检机构直接将报告发送给公司，那么公司自然会知道员工的体检结果，包括是否查出疾病。
- 在这种情况下，公司有义务对员工的体检信息保密，不得随意泄露给第三方，除非涉及法律规定的特定情形（如传染病防治等）。
公司未直接获取体检报告，但员工主动告知的情况：
- 如果员工在体检后，出于各种原因（如需要请假治疗、申请特殊照顾等）主动向公司告知了自己的体检结果，那么公司也会知道员工查出了疾病。
- 员工有权选择是否向公司透露自己的健康状况，但一旦透露，公司应尊重并保护员工的隐私权。
公司未获取体检报告，员工也未主动告知的情况：
- 如果公司没有要求员工提交体检报告，且员工也没有主动向公司告知自己的体检结果，那么公司通常不会知道员工是否查出了疾病。
- 在这种情况下，员工享有隐私权，公司无权要求员工透露其健康状况，除非涉及工作安全、职业病防治等法律规定的情形。
法律建议：
- 对于公司：在组织体检时，应明确告知员工体检的目的、范围以及体检报告的归属和使用方式。如果公司需要获取员工的体检报告，应事先征得员工的同意，并签订保密协议，确保员工的隐私权得到保护。
- 对于员工：在参加公司组织的体检时，应了解自己的权利和义务。如果不想让公司知道自己的体检结果，可以选择不提交报告或拒绝公司获取报告的要求。但如果出于工作需要或个人原因需要向公司透露健康状况，应确保公司能够妥善保管并保密相关信息。
可能的法律后果：
- 如果公司未经员工同意擅自获取、使用或泄露员工的体检报告，可能构成侵犯隐私权的行为，员工有权要求公司承担相应的法律责任。
- 如果员工因担心隐私泄露而拒绝提交体检报告或拒绝公司获取报告的要求，但这一行为影响了工作的正常进行或违反了公司的规章制度，公司可能根据相关规定对员工进行处理。但这种情况下的处理应合法、合理且公正，不得侵犯员工的合法权益。
如有任何关于劳动纠纷或劳动合同方面的疑问，欢迎直接向我咨询。