用人单位代扣五险一金后支付低于当地最低工资是不合法的。以下从多个角度为您详细分析：

一、法律依据与最低工资标准的定义

根据《中华人民共和国劳动法》和《最低工资规定》，最低工资标准是指劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。这一标准旨在保障劳动者的基本生活需求，且在计算时并不包含用人单位可以剔除的延长工作时间工资、特殊工作环境条件下的津贴以及法律、法规和国家规定的劳动者福利待遇等，但个人应缴纳的社保费用和住房公积金并不属于可以剔除的项目。

二、五险一金的缴纳与最低工资标准的关系

五险一金，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险以及住房公积金，是用人单位和劳动者共同承担的社会保障费用。这些费用的缴纳是用人单位的法定义务，也是劳动者应享有的权益。在计算最低工资标准时，应包含个人应缴纳的五险一金部分，因此，用人单位在扣除五险一金后，支付给劳动者的工资应当不低于当地最低工资标准。

三、实发工资低于最低工资标准的违法性

如果用人单位在扣除五险一金后，支付给劳动者的工资低于当地最低工资标准，那么这种行为就违反了相关法律法规的规定。根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条，用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：

1. 未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
2. 低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
3. 安排加班不支付加班费的；
4. 解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。

四、对劳动者的影响与风险及维权途径

实发工资低于最低工资标准将严重影响劳动者的基本生活，如食品、住房、医疗、教育等基本需求无法得到满足，损害劳动者的合法权益。因此，劳动者在发现用人单位存在此类违法行为时，应积极采取合法措施维权：

1. 与用人单位协商：首先尝试与用人单位友好协商，指出问题并要求调整工资待遇，确保实际收入不低于最低工资标准。
2. 向劳动行政部门投诉：若协商无果，劳动者可向当地劳动行政部门投诉，请求介入调查并处理。
3. 申请劳动仲裁：劳动者有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，提供工资条、社保缴费记录、劳动合同等证据以证明自己的工资情况和五险一金缴纳情况。仲裁委员会将根据法律法规进行裁决。
4. 提起诉讼：若对仲裁结果不满意，劳动者可向人民法院提起诉讼，由法院进行全面审查并根据法律规定作出判决。

综上所述，用人单位代扣五险一金后支付低于当地最低工资是不合法的。劳动者应充分了解自己的权益，并在发现权益受损时积极采取合法措施维权。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。