结论前置：个体工商户注销后，在特定条件下，劳动者可以以经营者为被申请人申请仲裁确认劳动关系。具体能否申请，需结合时效中断、中止情形及能否将经营者列为被申请人来判断。
详细分析：
一、关于申请仲裁的主体问题
个体工商户注销后的主体资格：
- 个体工商户在法律上属于合法的用人单位，但一旦注销，其作为用人单位的主体资格即消灭。因此，在劳动仲裁中，已注销的个体工商户无法再作为被申请人。
经营者的责任承担：
- 根据相关法律法规，个体工商户的债务，个人经营的以个人财产承担，家庭经营的以家庭财产承担。在劳动争议中，若个体工商户注销，劳动者可以考虑将其经营者列为被申请人，因为经营者需对个体工商户存续期间的劳动用工责任负责。
二、关于仲裁时效问题
一般时效规定：
- 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。若自权利被侵害之日起已超过一年，且不存在时效中断或中止的情形，劳动者可能会面临仲裁时效已过的问题。
时效中断与中止的情形：
- 时效中断：当事人一方向对方当事人主张权利，向有关部门请求权利救济，或对方当事人同意履行义务，这些情形会导致仲裁时效中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。
- 时效中止：因不可抗力或有其他正当理由，当事人不能在规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
- 因此，即使个体工商户注销已超过一年，若存在上述时效中断或中止的情形，劳动者仍在仲裁时效内，可以申请劳动仲裁。
三、实际操作建议
- 评估时效情况：劳动者在考虑申请劳动仲裁时，应首先评估自己的情况是否符合时效中断或中止的条件。
- 收集证据：劳动者应尝试收集与个体工商户经营者相关的证据，如劳动合同、工资支付记录、工作证等，以便在必要时将其列为被申请人。
- 咨询专业指导：为确保自身权益得到妥善维护，劳动者应尽快咨询当地的劳动监察部门或劳动仲裁机构，获取更具体、更专业的指导和帮助。
四、法律后果
- 若劳动者能够成功将经营者列为被申请人，并证明存在劳动关系，那么劳动者有权要求经营者承担相应的劳动用工责任，如支付拖欠的工资、经济补偿金等。
- 若劳动者因超过仲裁时效而无法申请劳动仲裁，那么其可能面临无法通过法律途径维护自身权益的风险。
五、特殊情况说明
- 若个体工商户注销后，其经营者也消失或无法联系，劳动者在申请劳动仲裁时可能会面临更大的困难。此时，劳动者可以考虑通过其他途径寻求救济，如向相关部门投诉或寻求法律援助。
综上所述，个体工商户注销后，劳动者在特定条件下仍可以以经营者为被申请人申请仲裁确认劳动关系。但具体能否申请，需结合时效中断、中止情形及能否将经营者列为被申请人来判断。劳动者应充分了解相关法律法规和仲裁程序，积极维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。