结论：民事调解书约定以房抵债并开具了预付款全款发票，且发票上注明了具体的房号，这通常不能直接视为已经付款，但可以作为付款的一个重要证据，具体是否构成付款还需结合其他证据和实际情况综合判断。
分析说明：
发票的法律性质：
- 发票是财务收支的凭证，是会计核算的原始依据，也是审计机关、税务机关执法检查的重要依据。然而，发票本身并不直接等同于付款的完成。它只是证明了交易双方之间存在一种财务往来或交易意向，但并不能单独证明款项已经实际支付。
以房抵债的特殊性：
- 以房抵债是一种非货币性的债务清偿方式，它涉及的是房产的转移而非货币的支付。因此，即使开具了预付款全款发票，也并不能直接等同于债务已经通过房产的转移得到了清偿。
- 在以房抵债的情况下，通常还需要办理房产的过户手续，将房产的所有权从债务人转移至债权人名下，才能视为债务得到了清偿。
民事调解书的效力：
- 民事调解书是人民法院依法制作的，记载了当事人之间协议内容的法律文书。它具有法律效力，对当事人具有约束力。然而，调解书本身并不直接证明付款的完成，而是规定了当事人之间的权利和义务关系。
- 如果调解书中明确约定了以房抵债的具体条款，包括房产的交付、过户等，那么这些条款的执行情况才是判断债务是否得到清偿的关键。
综合判断：
- 在判断是否构成付款时，除了发票外，还需要考虑其他证据，如房产的过户手续、付款凭证、银行转账记录等。只有这些证据相互印证，才能形成完整的证据链，证明款项已经实际支付或债务已经通过其他方式得到清偿。
- 如果仅凭一张预付款全款发票就认定付款已经完成，可能会忽略其他重要的证据和实际情况，导致判断失误。
法律建议：
- 如果您是债权人，在接受以房抵债的调解方案时，务必确保房产的过户手续已经办理完毕，并保留好所有相关的证据和文件，以备不时之需。
- 如果您是债务人，在履行以房抵债的义务时，也应确保按照调解书的约定完成房产的交付和过户手续，并保留好相关的证据和文件，以证明自己已经履行了义务。
- 在任何情况下，如果双方对付款或债务清偿情况存在争议，都应及时咨询专业律师，通过法律途径解决争议。
后续行动指南：
- 收集并整理所有与以房抵债相关的证据和文件，包括民事调解书、发票、房产过户手续等。
- 如果双方对付款或债务清偿情况存在争议，可以尝试通过协商或调解的方式解决争议。如果协商或调解无果，可以考虑通过诉讼或仲裁等法律途径解决争议。
- 在处理此类纠纷时，务必保持冷静和理性，避免采取过激或违法的行为。