针对您提出的“建筑公司总公司开发票委托分公司收款在税务上是否合法”的问题，以下是我的详细解答：
一、法律允许情况与条件
公司法角度：
- 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，分公司并不具备独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。因此，在业务往来中，如果交易实质上是总公司与客户之间发生的，那么总公司作为销售方开具发票是符合规定的。
- 若总公司、分公司和客户三方能够签订明确的委托收款协议，约定由分公司代为收取款项，那么这种分公司收钱的行为可以视为经过总公司授权的代收行为，从而具备一定的法律依据。
税法原则角度：
- 税务机关在处理此类事务时，通常会遵循“三流一致”或“三流合一”的原则，即货物流、资金流和发票流应当相互统一。在同一县或市内，且总分公司之间的业务真实发生的情况下，总公司开票并收款，或者由分公司开票并收款（在符合特定条件下）均是可行的。但关键在于，开票单位、收款单位和合同签署单位必须保持一致。
二、可能存在的风险及应对措施
税务风险：
- 如果总公司开发票而分公司收钱，但未能提供合理的委托收款协议等证明文件，税务机关可能会认为交易存在异常，进而怀疑存在虚开发票等税务违法行为。
- 在跨地区操作时，由于税收管辖权的问题，这种行为可能被视为不符合规定。
- 应对措施：确保交易主体与开票主体、收款主体相一致；签订明确且合法的委托收款协议；在必要时咨询专业税务顾问以获取具体指导。
财务核算风险：
- 总公司开具发票确认收入，但款项由分公司收取，这可能导致财务核算上的混乱。
- 应对措施：加强总分公司之间的财务沟通与协作，确保账务处理及时、准确，并保持收入和资金的匹配性。
合同风险：
- 如果合同中明确约定了收款账户为总公司账户，而实际却由分公司收款，这将构成对合同条款的违反。
- 应对措施：在合同中明确约定收款方式及账户信息，并确保实际操作与合同约定相符。
三、总结与建议
总公司开发票、分公司收钱的行为并非绝对不可行，但必须满足严格的条件和要求。为了确保行为的合法性和合规性，并避免潜在的税务风险和合同纠纷，我建议您：
- 在进行此类操作前，咨询专业的税务顾问或律师，以获取具体的法律指导和帮助。
- 加强内部财务管理和沟通，确保账务处理的准确性和及时性。
- 谨慎处理总分公司之间的关系，确保所有行为均符合相关法律法规的规定。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。