结论：债权人申请拍卖土地时，若地上建筑物属于第三方，能否一并拍卖需分情况讨论，主要取决于土地与建筑物的权利关系及法律规定。以下从不同角度进行详细分析：
一、土地与建筑物权利关系一致的情况
土地使用权与建筑物所有权同属一人：
- 若土地使用权与地上建筑物的所有权均属于被执行人（即债务人），则债权人申请拍卖土地时，地上建筑物自然应一并拍卖。因为根据《民法典》及相关法律规定，土地使用权与地上建筑物、其他附着物所有权应当一并转让，即“房地一体”原则。
土地使用权与建筑物所有权已分离但存在合法租赁关系：
- 若土地使用权虽属于被执行人，但地上建筑物已通过合法租赁方式由第三方使用，且租赁关系在土地使用权被查封前已设立并合法有效，此时拍卖土地时，地上建筑物的租赁关系可能不受影响，但建筑物本身仍可能因土地使用权的拍卖而一并被处置。不过，具体处置方式需根据租赁合同的约定及法律规定来确定，如承租人可能享有优先购买权等。
二、土地与建筑物权利关系不一致的情况
地上建筑物为第三方独立所有：
- 若地上建筑物为第三方独立所有，且与土地使用权无直接关联（如第三方通过购买、继承等方式取得建筑物所有权，但未同时取得土地使用权），则债权人申请拍卖土地时，地上建筑物通常不应一并拍卖。因为此时土地使用权与建筑物所有权已分离，拍卖土地不应损害第三方对建筑物的合法权益。
- 例外情况：若第三方对建筑物的所有权存在瑕疵（如未依法办理产权登记、存在权属争议等），或建筑物本身存在违法建设等情形，可能影响其独立处置，此时在拍卖土地时可能需对建筑物进行一并处理，但需根据具体情况及法律规定来判断。
地上建筑物为第三方基于合法原因占有但未取得所有权：
- 若第三方虽未取得地上建筑物的所有权，但基于合法原因（如合法租赁、借用等）占有并使用该建筑物，此时债权人申请拍卖土地时，地上建筑物的处置需考虑第三方的合法权益。一般来说，拍卖土地不应直接影响第三方对建筑物的合法占有和使用，但具体处理方式需根据租赁合同、借用协议等约定及法律规定来确定。
三、法律建议与风险提示
对于债权人：
- 在申请拍卖土地前，应充分了解土地与地上建筑物的权利关系，确保拍卖行为的合法性及有效性。
- 若地上建筑物属于第三方所有或存在其他复杂情况，建议提前与第三方协商或寻求法律途径解决，以避免拍卖过程中出现纠纷或法律风险。
对于第三方（建筑物所有者或使用者）：
- 若发现自己的建筑物可能因土地拍卖而受到影响，应及时了解拍卖情况并主张自己的合法权益。
- 如认为拍卖行为侵犯了自己的合法权益，可依法向法院提出执行异议或提起诉讼等法律途径来维护自己的权益。
总结：债权人申请拍卖土地时，地上建筑物能否一并拍卖需根据土地与建筑物的权利关系及法律规定来判断。在涉及复杂情况时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。