结论：在土地上有在建物的情况下，法院拍卖时通常会将土地和在建物一并拍卖，而非仅拍卖土地而保留在建物。不过，也存在一些特殊情况或特定程序下可能实现仅拍卖土地，但这需要具体分析相关法律规定和拍卖程序。
分析说明：
一般原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关法律规定，土地和其上的建筑物（包括在建物）通常被视为一个整体，即“房地一体”原则。这意味着，在转让、抵押或拍卖时，土地和建筑物应一并处理，以确保权利的完整性和避免后续纠纷。
拍卖程序中的通常做法：
- 在法院拍卖程序中，为了保障拍卖物的价值和买受人的权益，通常会选择将土地和其上的在建物一并拍卖。这样做可以确保买受人获得一个完整、无争议的财产权，减少后续的法律风险和纠纷。
特殊情况或特定程序：
- 尽管“房地一体”是原则，但也存在一些特殊情况或特定程序下可能实现仅拍卖土地。例如，如果在建物存在严重的法律瑕疵（如未取得合法建设手续、属于违法建筑等），或者在建物的价值极低且对土地价值无实质性影响，法院可能会考虑仅拍卖土地。
- 另外，如果拍卖程序中有明确的约定或法律规定允许仅拍卖土地（这种情况较为罕见），那么也可能实现仅拍卖土地。但这需要具体分析相关法律规定和拍卖程序的约定。
法律后果与风险提示：
- 如果仅拍卖土地而保留在建物，可能会导致买受人无法充分利用土地（因为土地上的建筑物可能无法合法使用或拆除），从而降低土地的价值和实用性。
- 同时，这也可能引发后续的法律纠纷，如原建筑物所有人主张权利、相邻权纠纷等。
建议与行动：
- 对于买受人：在参与法院拍卖前，应仔细了解拍卖物的具体情况，包括土地和在建物的权属、法律状态等。如果拍卖公告中未明确说明是否一并拍卖土地和在建物，应及时向法院或拍卖机构咨询。
- 对于原所有人或相关利害关系人：如果认为仅拍卖土地可能损害其合法权益，应及时向法院提出异议或申请参与拍卖程序，以维护自己的权益。
进一步思考：在实际操作中，法院拍卖土地和在建物时通常会遵循“房地一体”原则，以确保拍卖的公正性和有效性。然而，法律总是存在例外和特殊情况。因此，在具体案件中，应结合相关法律规定和拍卖程序的约定进行具体分析。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。