入职承诺书中约定旷工五天扣除所有未付工资和福利的条款，其合法性需分情况讨论，具体如下：
一、从劳动合同法的角度分析
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的订立应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。同时，劳动合同的内容应当明确双方的权利和义务，且不得违反法律、行政法规的强制性规定。
若该条款违反法律法规的强制性规定：
- 例如，如果扣除的工资和福利超过了劳动者实际应得的部分，或者违反了最低工资标准等强制性规定，那么该条款将被视为无效。因为这样的条款不仅损害了劳动者的合法权益，也违反了法律的强制性规定。
若该条款未违反法律法规的强制性规定，但显失公平：
- 即使该条款没有直接违反法律，但如果其内容显失公平，即一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。在劳动纠纷中，如果劳动者能够证明该条款的订立存在显失公平的情形，那么该条款也可能被撤销。
二、从实际操作和合理性的角度分析
扣除工资和福利的合理性：
- 旷工是劳动者违反劳动纪律的行为，用人单位有权根据规章制度对劳动者进行处罚。然而，处罚应当合理，不能过度剥夺劳动者的合法权益。扣除所有未付工资和福利可能被视为过度处罚，尤其是当旷工天数较少或劳动者已经承担了其他形式的处罚（如警告、罚款等）时。
用人单位规章制度的合法性：
- 除了劳动合同中的条款外，用人单位的规章制度也是处理劳动纠纷的重要依据。如果用人单位的规章制度中明确规定了旷工的处罚措施，并且该规章制度已经经过民主程序制定、公示或告知劳动者，那么该规章制度中的相关条款将具有法律效力。然而，即使规章制度中有相关规定，也应当确保其合法性和合理性，不能违反法律法规的强制性规定或显失公平。
三、建议与措施
对于劳动者：
- 如果认为入职承诺书中的条款不合法或不合理，可以与用人单位进行协商，寻求修改或删除该条款。
- 如果协商无果，可以向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 在仲裁或诉讼过程中，应当提供充分的证据证明该条款的不合法性或不合理性。
对于用人单位：
- 在制定入职承诺书或规章制度时，应当确保条款的合法性和合理性，避免过度剥夺劳动者的合法权益。
- 如果需要对劳动者进行处罚，应当根据规章制度或劳动合同中的相关规定进行，并确保处罚措施与劳动者的过错程度相适应。
综上所述，入职承诺书中约定旷工五天扣除所有未付工资和福利的条款，其合法性需根据具体情况进行判断。如果该条款违反法律法规的强制性规定或显失公平，那么该条款将被视为无效或可撤销。因此，在签订入职承诺书时，双方应当仔细审查条款内容，确保其合法性和合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。