考勤直接主管已离职的情况下，员工考勤管理问题可通过以下方式解决：
及时与新任主管或人力资源部门对接
若公司已安排新的直接主管，员工应主动向其汇报考勤情况（如请假、补卡、加班等），并确认新主管对考勤流程的具体要求。若尚未明确新主管，可直接联系人力资源部门（HR），说明原主管离职情况，并按照公司现行考勤制度提交相关申请。
法律依据：根据《劳动合同法》第四条，用人单位应依法建立和完善劳动规章制度，员工有权了解并遵守考勤管理规定。原主管离职不影响公司规章制度的效力，员工仍需履行考勤义务。
保留考勤记录作为证据
员工应妥善保存自己的考勤记录（如打卡记录、请假单、加班审批单等），避免因主管离职导致考勤数据丢失或争议。若公司使用电子考勤系统，可自行截图或导出记录；若为纸质签到，可复印留存。
风险提示：若因主管离职导致考勤记录缺失或被篡改，员工可能面临工资扣减、旷工认定等风险。保留证据可有效维护自身权益。
关注公司是否调整考勤流程
部分公司可能因主管离职临时调整考勤管理方式（如由其他部门代管、简化审批流程等）。员工需及时关注公司通知（如邮件、内部公告等），并按新流程操作。若公司未明确通知，可主动询问HR或上级领导，避免因流程不清导致违规。
实务建议：若公司长期未安排新主管且未明确考勤管理责任人，员工可向工会或劳动监察部门反映情况，要求公司履行管理义务。
特殊情况处理（如请假未审批）
若员工在原主管离职前已提交请假申请但未获审批，可重新向新主管或HR提交申请，并说明原情况。若公司以“未审批”为由认定旷工，员工可提供提交申请的证据（如邮件、系统记录等）进行抗辩。
法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者原因造成单位经济损失的，单位可按合同约定要求赔偿，但需以劳动者过错为前提。若员工已履行请假义务，公司不得单方面扣减工资。
总结：考勤主管离职不影响员工遵守考勤制度的义务，但公司需及时安排新主管或明确管理责任人。员工应主动对接、保留证据、关注流程调整，并在遇到争议时依法维权。如有具体问题，可直接向我咨询。