农民专业合作社在劳动仲裁中是可以被确认劳动关系的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

一、法律关系基础

农民专业合作社作为依法登记设立的法人组织，具备用工主体资格。根据《中华人民共和国劳动合同法》第二条的规定，中华人民共和国境内的企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织（以下称用人单位）与劳动者建立劳动关系，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，适用本法。虽然该条款未直接提及农民专业合作社，但农民专业合作社作为依法设立的法人组织，其性质与“等组织”相类似，因此应当被视为用人单位，与劳动者建立劳动关系时，同样适用劳动合同法的相关规定。

二、劳动关系确认的实质要件

确认劳动关系的关键在于是否存在事实上的用工关系，而非仅仅依据用人单位的性质。根据原劳动和社会保障部《关于确立劳动关系有关事项的通知》第一条的规定，用人单位招用劳动者未订立书面劳动合同，但同时具备下列情形的，劳动关系成立：

1. 用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格；
2. 用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动；
3. 劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。

农民专业合作社作为用人单位，如果与劳动者之间存在上述情形，即可以确认双方之间存在劳动关系。

三、实践中的案例支持

在实践中，已经有多起农民专业合作社与劳动者之间劳动关系确认的案例。这些案例中，法院或劳动仲裁机构通常根据双方之间的实际用工情况，如是否接受管理、是否从事有报酬的劳动、劳动是否为合作社业务的组成部分等，来确认双方之间是否存在劳动关系。

四、建议与注意事项

1. 签订书面劳动合同：为了明确双方的权利和义务，避免纠纷的发生，农民专业合作社在与劳动者建立劳动关系时，应当签订书面劳动合同。
2. 完善规章制度：农民专业合作社应当依法制定各项劳动规章制度，并确保这些规章制度适用于所有劳动者，以规范用工管理。
3. 保留用工证据：在用工过程中，农民专业合作社应当保留好与劳动者之间的用工证据，如工资支付记录、考勤记录、工作安排等，以备在发生纠纷时作为证据使用。

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