结论：有劳动合同但实际在别的公司上班，离职时是否有补偿需分情况讨论，主要取决于实际用工关系、劳动合同约定以及离职原因等因素。以下从不同角度进行分析：
一、实际用工关系与劳动合同一致的情况
如果劳动合同中明确约定了工作地点、工作内容等，且实际用工情况与合同约定一致（尽管用户提到“实际上班在别的公司”，但若此“别的公司”与劳动合同中的用人单位存在关联关系，如分公司、子公司或用人单位安排至关联公司工作，且劳动合同中有相关约定或事后得到用人单位认可），则离职时是否有补偿主要取决于离职原因：
用人单位提出解除劳动合同：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位提出解除劳动合同并与劳动者协商一致的，应支付经济补偿。经济补偿的计算标准通常按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
劳动者提出解除劳动合同：若劳动者因个人原因主动提出解除劳动合同，则通常无法获得经济补偿。但若用人单位存在未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件、未及时足额支付劳动报酬等违法情形，劳动者提出解除劳动合同的，用人单位应支付经济补偿。
二、实际用工关系与劳动合同不一致的情况
如果劳动合同中的用人单位与实际用工单位不一致，且这种不一致未得到劳动者的认可或劳动合同中无相关约定，则可能构成“事实劳动关系”的转移或“劳务派遣”等情形。此时，离职时是否有补偿也需分情况讨论：
构成事实劳动关系转移：若劳动者被安排至另一家公司工作，且原用人单位未与劳动者解除劳动合同，也未就劳动关系转移与劳动者达成一致，则可能构成事实劳动关系的非法转移。在此情况下，若新用人单位或原用人单位提出解除劳动合同，劳动者有权要求支付经济补偿。但具体补偿责任需根据实际情况和法律规定判断，可能涉及原用人单位和新用人单位的连带责任。
构成劳务派遣关系：若原用人单位将劳动者派遣至另一家公司工作，且符合劳务派遣的法律规定（如劳务派遣单位与劳动者签订劳动合同、用工单位与劳务派遣单位签订劳务派遣协议等），则劳动者与劳务派遣单位之间存在劳动关系。在此情况下，离职时是否有补偿需根据劳务派遣协议和劳动合同的约定以及离职原因来判断。若因用工单位原因导致劳动者离职，且劳务派遣单位未按照法律规定或合同约定支付经济补偿的，劳动者有权要求劳务派遣单位支付。
三、特殊情况下的补偿问题
未签订书面劳动合同但存在事实劳动关系：若劳动者与用人单位未签订书面劳动合同，但存在事实劳动关系（如实际提供劳动、接受用人单位管理等），则离职时是否有补偿也需根据离职原因和实际情况来判断。若因用人单位原因导致离职（如未提供劳动条件、未支付劳动报酬等），劳动者有权要求支付经济补偿。
违法解除劳动合同：无论劳动合同中的用人单位与实际用工单位是否一致，若用人单位（包括实际用工单位）违法解除劳动合同（如无正当理由解除、未按照法定程序解除等），劳动者均有权要求支付赔偿金。赔偿金的标准通常为经济补偿的两倍。
建议：由于实际情况可能复杂多变，且涉及法律条款的适用和解释，因此建议您在离职前与用人单位（包括实际用工单位）进行沟通协商，明确离职原因和补偿事宜。若协商无果或存在争议，您可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。