在不知情的情况下扣除违约金一般是不合法的，但具体是否合法需结合实际情况判断，以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同有明确约定：
- 如果双方签订的合同中明确约定了违约金的扣除条件、方式及程序，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么在符合约定条件的情况下，一方有权按照合同约定扣除违约金。但即便如此，扣除方也有义务将扣除违约金的事宜及时通知对方，以确保对方的知情权。若未通知，可能构成违约或侵犯对方权益，对方有权要求说明情况或寻求法律救济。
合同无明确约定：
- 如果合同中没有明确约定违约金的扣除事宜，那么一方在不知情的情况下扣除违约金就缺乏合同依据，这种行为很可能是不合法的。此时，被扣除方有权要求返还被扣除的违约金，并可能要求扣除方承担因此造成的损失。
二、法律规定角度
违约金性质：
- 违约金是合同双方约定的，一方违约时向对方支付的一定数额的金钱。其目的在于补偿因违约给对方造成的损失，或惩罚违约行为。但违约金的支付和扣除必须基于合法有效的合同约定或法律规定。
法律限制：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，违约金的数额应当合理，不得过分高于或低于实际损失。如果扣除的违约金数额明显不合理，可能被法院或仲裁机构调整或撤销。
- 同时，法律也保护当事人的知情权。在扣除违约金前，扣除方有义务将扣除事宜、扣除金额、扣除原因等告知对方，以便对方进行核实和提出异议。
三、实际操作建议
核实合同约定：
- 首先，应仔细审查合同中关于违约金的约定，确认是否存在扣除违约金的条款，以及该条款的具体内容。
与对方沟通：
- 如果发现被扣除违约金，且对此不知情，应及时与扣除方沟通，要求其说明扣除的依据、金额和原因。
寻求法律救济：
- 如果认为扣除违约金的行为不合法或不合理，可以寻求法律救济，如向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，要求返还被扣除的违约金并赔偿损失。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，合同中约定了如果乙方逾期交货，需要向甲方支付一定数额的违约金。但合同中并未明确约定扣除违约金的具体程序和通知义务。后来，乙方确实逾期交货了，甲方在未通知乙方的情况下直接从货款中扣除了违约金。在这种情况下，甲方扣除违约金的行为就可能因缺乏通知义务而构成违约或侵犯乙方权益，乙方有权要求甲方返还被扣除的违约金并可能要求赔偿损失。
综上所述，在不知情的情况下扣除违约金一般是不合法的。如果遇到此类情况，建议及时与对方沟通并寻求法律救济。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。