全年假期超过后是否扣工资，这个问题不能一概而论，需要分情况讨论：

1. 带薪年休假未休完的情况

   • 根据《职工带薪年休假条例》和《企业职工带薪年休假实施办法》的规定，职工应休未休的年休假天数，单位应当按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬，其中已包含了单位支付职工正常工作期间的工资收入，即另外再支付2倍的工资。这意味着，如果职工未休完带薪年休假，单位不仅不能扣工资，反而需要额外支付工资作为补偿。
   • 计算年休假工资的“日工资”是按照职工本人的月工资除以月计薪天数21.75天进行折算，“月工资”是指职工在用人单位支付其未休年休假工资报酬前12个月剔除加班工资后的月平均工资，工作时间不满12个月的，按实际月份计算月平均工资。

2. 其他假期（如病假、事假等）超过规定天数的情况

   • 对于病假，根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。在医疗期内，单位不得解除劳动合同，且应按照规定支付病假工资或疾病救济费，这部分费用通常低于正常工资，但并非扣工资，而是按照一定比例支付。
   • 对于事假，如果职工因个人原因需要请假，且未经单位批准擅自离岗的，单位有权根据规章制度扣除相应工资。但如果事假已经得到单位批准，且单位规章制度中未规定事假期间扣工资的，则单位不应扣工资。

3. 用人单位规章制度中关于假期和工资的规定

   • 用人单位的规章制度应当符合法律法规的规定，且不得侵犯职工的合法权益。如果规章制度中规定“带薪年休假逾期作废”或类似条款，这是没有法律依据的，且存在不合理性，一般不被仲裁或法院支持。职工仍可向用人单位提出休假申请，如用人单位不同意且不支付未休年休假劳动报酬的，职工有权向当地劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁。

建议：

• 职工应了解自己的假期权益，包括带薪年休假、病假、事假等，并熟悉单位的相关规章制度。
• 如果单位存在扣工资或未支付未休年休假工资报酬等违法行为，职工应及时向单位提出异议，并保留好相关证据。
• 如无法与单位协商解决，职工可以向当地劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

总结：全年假期超过后是否扣工资，取决于假期的类型、单位规章制度以及法律法规的规定。职工应了解自己的权益，并在必要时采取法律手段维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。