结论：这种行为是否合法不能一概而论，需要分情况讨论，具体如下：
- 从发票开具合规性角度
- 根据我国发票管理相关规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票，且开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。如果对方公司本身只能开具税率为1%的发票（比如符合小规模纳税人相关税收优惠政策等情况），在符合真实业务交易且按照规定如实开具的前提下，单纯从发票开具本身来说是合法的。
- 但是，如果对方公司为了少缴税款等不正当目的，在没有真实业务对应或者故意隐瞒真实交易金额等情况下，以只能开1%发票为借口，通过所谓“同意扣5个点”这种私下约定的方式来处理，这属于虚开发票或者不按规定开具发票的违法行为。虚开发票包括为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票等情形。这种行为会面临税务机关的处罚，包括罚款，情节严重的还可能构成犯罪，会被追究刑事责任。
- 从合同及财务处理角度
- 如果双方在合同中明确约定了这种“对方公司只能开1的发票，同意扣5个点”的条款，从合同自由原则角度，双方自愿达成这样的约定，在不违反法律、行政法规的强制性规定和不损害国家、集体、第三人利益以及社会公共利益的情况下，合同本身可能是有效的。然而，这种约定如果涉及到逃避纳税义务等违反税收法律法规的内容，那么该约定因违反法律强制性规定而无效。
- 在财务处理上，企业取得发票应当符合财务制度和税收法规的要求。如果取得的这种通过“扣点”方式处理的发票不符合规定，企业不能将其作为合法的财务凭证进行入账处理，否则可能会面临财务核算不规范、税务风险等问题。比如在进行企业所得税汇算清缴时，不符合规定的发票不能作为税前扣除凭证，这可能会导致企业多缴纳企业所得税。
建议：在进行商业交易时，要确保发票开具的合法性和合规性，避免因发票问题引发税务风险和法律纠纷。如果对这种交易模式是否合法存在疑问，可以进一步向我详细描述交易的具体情况，以便我更准确地为你分析和解答。