工厂安排上三天班放假两天是否合法，不能一概而论，需结合具体的工作时间安排、工时制度以及当地劳动法规综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、标准工时制度下的合法性分析
标准工时制度规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。同时，《国务院关于职工工作时间的规定》第三条进一步明确，职工每日工作8小时，每周工作40小时。
- 依据《劳动法》第三十八条，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。
合法性判断：
- 在标准工时制度下，若工厂安排员工上三天班（假设每天工作8小时，共24小时）后放假两天，且每周总工作时间不超过40小时，且保证每周至少有一天休息日，则这种安排是合法的。
- 但若工厂在三天班中安排了加班，或者放假两天后，员工在接下来的工作周中无法保证每周至少一天的休息日，则可能违反《劳动法》关于工时制度和休息日的规定。
二、特殊工时制度下的合法性分析
特殊工时制度类型：
- 工厂可能实行综合计算工时工作制或不定时工作制，这些制度需要经过劳动行政部门的审批。
合法性判断：
- 如果工厂实行了特殊工时制度，并且经过了劳动行政部门的审批，那么一个月（或更长时间段内）的总工作时间和休息安排符合相关法规要求，则上三天班放假两天的安排可能是合法的。
- 但即使实行了特殊工时制度，工厂也需要确保总的工作时间不超过法定标准，并且按照法律规定支付加班工资（如果存在加班情况）。
三、实际判断方法与建议
判断工时制度类型：
- 员工应首先了解工厂是否实行了特殊工时制度，以及该制度是否经过了劳动行政部门的审批。
计算总工作时间：
- 员工应计算自己每月的总工作时间，包括正常工作时间和加班时间，确保不超过法定标准。
检查加班工资支付：
- 对于超出法定工作时间的部分，员工应检查工厂是否按照法律规定支付了加班工资。
关注员工健康与意愿：
- 长时间的工作可能对员工的身体健康造成影响，员工应关注自己的身体状况，并对不合理的工作安排提出异议。
四、可能的法律后果
- 如果工厂未实行特殊工时制度，或者虽然实行了但未经过劳动行政部门审批，却要求员工上三天班放假两天（且可能违反工时制度和休息日规定），则员工有权向劳动监察部门投诉，工厂可能面临行政处罚。
- 如果工厂实行了特殊工时制度但未按照法律规定支付加班工资，员工有权要求工厂支付加班工资，并可能通过法律途径维护自己的权益。
综上所述，工厂安排上三天班放假两天是否合法，取决于具体的工作时间安排、工时制度以及当地劳动法规。员工应了解自己的权益和工厂的工时制度，如有疑问或发现违法行为，可直接向我咨询以获取更具体的法律建议。