公司由股东个人账号发放员工工资，并不能直接否认劳动关系。劳动关系的认定是一个综合判断的过程，需要结合多方面因素进行考量。以下从不同角度为你详细分析：
支持认定劳动关系的要素
实际职位与工作内容：
- 如果股东在公司担任具体职务，如总经理、部门经理等，并实际履行该职务所对应的工作职责，那么即使工资是通过股东个人账号发放，也倾向于认定存在劳动关系。因为这种情况下，股东实际上是在为公司提供劳动，并接受公司的管理、指挥和监督。
工资支付的规律性与性质：
- 如果公司按照固定的周期（如每月）以工资的形式向员工支付款项，且该款项与员工所提供的劳动相对应，那么即使是通过股东个人账号发放，也不影响劳动关系的认定。因为工资是劳动报酬的一种形式，其支付规律性和性质是判断劳动关系的重要依据。
社保缴纳与劳动合同：
- 如果公司为员工缴纳社保，或者双方签订有正式的劳动合同，明确各自的权利和义务，那么这将是认定劳动关系的重要证据。因为社保缴纳和劳动合同是劳动关系的重要标志，它们能够证明员工与公司之间存在法律上的劳动关系。
不支持认定劳动关系的要素
仅基于股东身份的经济往来：
- 如果所谓的“工资”实际上是基于股东身份获得的利润分配、股息等权益，而非劳动报酬性质，那么就不能认定存在劳动关系。因为这种情况下，支付是基于股东对公司的投资所享有的权益，与劳动付出无关。
缺乏劳动关系的实质特征：
- 如果员工没有实际为公司提供劳动，或者虽然参与公司事务但并不接受公司正常的劳动管理，自行决定工作内容和工作时间，那么就不具备劳动关系中劳动者对用人单位的从属性特征，因此不能认定存在劳动关系。
实际操作中的综合判断
在实际操作中，判断公司由股东个人账号发放员工工资是否构成劳动关系，需要深入审查员工在公司中的实际角色、工作内容、管理关系以及款项支付的性质等多方面情况。例如，可以考察员工是否接受公司的考勤管理、是否按照公司的规章制度进行工作、是否参与公司的决策过程等。同时，还可以结合工资支付记录、社保缴纳记录、劳动合同等证据进行综合判断。
法律建议：
- 对于公司而言，为了避免不必要的法律纠纷，建议规范工资支付方式，尽量通过公司对公账户向员工发放工资，并签订正式的劳动合同，明确双方的权利和义务。
- 对于员工而言，如果发现公司通过股东个人账号发放工资，且存在其他可能影响劳动关系认定的情况，建议及时与公司沟通并保留相关证据，以便在必要时维护自己的合法权益。
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