结论：在肉合格证日期不对的情况下，即使买方已经进行了处理，相关部门仍有可能对卖方进行调查。
分析说明：
买方处理与卖方责任的关系：
- 买方在发现肉合格证日期不对后，可能会采取退货、索赔等处理措施。这些措施主要是基于买方与卖方之间的合同关系或消费者权益保护法律进行的。
- 然而，买方的处理行为并不免除卖方可能面临的法律责任。如果卖方的行为违反了相关法律法规，如食品安全法、产品质量法等，相关部门仍有权对卖方进行调查。
相关部门的调查权：
- 根据相关法律法规，市场监管部门、食品安全监管部门等有权对涉嫌违法违规的商家进行调查。这种调查不依赖于买方的处理行为，而是基于卖方的行为是否违反了法律法规。
- 如果调查发现卖方确实存在违法行为，相关部门将依法对卖方进行处罚，包括但不限于罚款、没收违法所得、吊销营业执照等。
可能的法律后果：
- 对于卖方而言，如果其提供的肉合格证日期不对，且该行为被认定为违法行为，那么卖方将面临法律责任。这种责任可能包括民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任（如果行为构成犯罪）。
- 即使买方已经进行了处理，如退货或索赔，这并不影响相关部门对卖方的调查和处罚。因为买方的处理行为主要是基于合同关系或消费者权益保护，而卖方的法律责任则是基于其违反法律法规的行为。
建议与行动：
- 卖方应自查自纠：在发现肉合格证日期不对后，卖方应立即进行自查，查明原因并采取措施纠正。同时，卖方应主动与买方沟通，解释情况并协商解决方案，以减少可能的纠纷和损失。
- 配合相关部门调查：如果相关部门对卖方进行调查，卖方应积极配合，提供必要的证据和资料。这有助于加快调查进程，减少不必要的麻烦和损失。
- 加强法律意识：卖方应加强对相关法律法规的学习和了解，确保自己的经营行为符合法律法规的要求。这有助于减少违法违规行为的发生，降低法律风险。
特殊场景：
- 如果卖方能够证明肉合格证日期不对是由于供应商或第三方的原因造成的，且卖方在采购时已经尽到了合理的审查义务，那么卖方在法律责任上可能会有所减轻。但这并不意味着卖方可以完全免除责任，因为卖方仍有义务确保所售商品的质量和安全。
后续思考依据：
- 卖方在经营过程中应始终遵守相关法律法规，确保所售商品的质量和安全。如果出现问题，应积极面对并采取措施解决，而不是试图逃避责任。
- 买方在购买商品时也应仔细检查商品的质量和相关信息，如发现异常应及时与卖方沟通并寻求解决方案。如果买方认为自己的权益受到侵害，可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。