当因发包人原因导致工程停工，并在后续进行结算时，工程质量的认定是一个核心且复杂的问题。以下是对此问题的详细解答：
一、工程质量认定的基本原则
合同依据：
- 首先，应依据双方签订的工程承包合同中的相关条款来认定工程质量。合同中通常会明确工程的质量标准、验收程序及争议解决方式等。
客观公正：
- 工程质量的认定应客观、公正，避免主观臆断或偏见影响判断。
全面检查：
- 应对已完成的工程部分进行全面检查，包括但不限于材料质量、施工工艺、结构安全等方面。
二、工程质量认定的具体步骤
资料审查：
- 审查施工记录、质量检验报告、材料合格证明等文件，确保所有施工活动均符合合同约定的质量标准。
现场检查：
- 组织专业人员对现场已完成的工程部分进行实地检查，记录存在的问题或不足。
第三方检测：
- 如双方对工程质量存在争议，可委托具有资质的第三方检测机构进行质量检测，以确保结果的公正性和准确性。
综合评定：
- 根据资料审查、现场检查和第三方检测的结果，对工程质量进行综合评定，形成书面报告。
三、因发包人原因停工的特殊处理
停工影响评估：
- 评估停工对工程质量的具体影响，包括材料老化、结构稳定性下降等。
责任划分：
- 明确停工是由于发包人的原因导致的，因此发包人应承担相应的责任，包括但不限于工程质量受损的修复费用。
协商处理：
- 双方应就工程质量认定及后续处理方案进行协商，达成一致意见。如协商不成，可依据合同中的争议解决条款进行仲裁或诉讼。
四、建议与注意事项
保留证据：
- 承包人在停工期间应妥善保管施工记录、质量检验报告等证据材料，以备后续使用。
及时沟通：
- 双方应保持密切沟通，及时就工程质量问题进行交流，避免误解和矛盾升级。
遵循法律程序：
- 如需通过法律途径解决争议，应严格遵守相关法律程序，确保自身权益得到保障。
综上所述，因发包人原因停工时，工程质量的认定需要遵循合同依据、客观公正和全面检查的原则。通过资料审查、现场检查、第三方检测等步骤进行综合评定，并根据停工的特殊情况进行相应处理。双方应保留证据、及时沟通并遵循法律程序，以确保工程质量争议的妥善解决。