员工因违法行为被公安机关立案后，用人单位应依据法律规定和内部制度，结合案件性质、员工行为与工作的关联性等因素，采取合法合规的处理措施，具体处理方式需分情况讨论：

1. 若员工行为与工作无关，且未损害公司利益
   根据《劳动合同法》第三十九条，用人单位需以“被依法追究刑事责任”为由解除劳动合同的，需满足“刑事责任”的法定要件（如法院判决有罪）。若公安机关仅立案侦查，尚未进入审判阶段，用人单位不得直接解除劳动合同，否则可能构成违法解除，需承担赔偿金责任。
   建议措施：

   • 暂停员工工作（如停职调查），但需支付基本工资或生活费（依据地方规定）；
     
   • 密切关注案件进展，待法院判决生效后，若员工被追究刑事责任，可依法解除合同；
     
   • 若员工未被追究刑事责任，可依据内部规章制度（如《员工手册》）中“严重违反社会公德”等条款，经民主程序公示后，解除劳动合同。

2. 若员工行为与工作直接相关，或损害公司利益
   若员工违法行为涉及职务行为（如贪污、挪用资金、泄露商业秘密等），或因个人行为导致公司承担连带责任（如环境污染、安全生产事故），用人单位可依据《劳动合同法》第三十九条第二项“严重违反用人单位规章制度”或第三项“严重失职、营私舞弊，给用人单位造成重大损害”解除劳动合同。
   关键点：

   • 需证明员工行为与工作存在直接关联；
     
   • 公司规章制度需明确规定“违法行为属于严重违纪”且已向员工公示；
     
   • 若造成实际损失，可要求员工赔偿（需举证损失金额与员工行为的因果关系）。

3. 若员工被采取强制措施（如刑事拘留、逮捕）
   根据《劳动合同法》第四十四条，劳动者被依法追究刑事责任的，劳动合同终止。但“被追究刑事责任”需以法院判决生效为准。若员工仅被采取强制措施，尚未判决，用人单位不得直接终止合同，但可依据《劳动合同法》第四十条第三项“客观情况发生重大变化”协商解除合同，或按前述“停职调查”处理。
   风险提示：

   • 协商解除需支付经济补偿；
     
   • 若员工最终未被追究刑事责任，用人单位可能面临违法解除的赔偿风险。

实务建议：

• 程序合规：处理前需核实案件性质、员工行为与工作的关联性，避免因程序瑕疵引发劳动争议；
  
• 证据固定：保存员工违法行为的相关证据（如公安机关立案通知书、公司损失证明等）；
  
• 制度完善：在《员工手册》中明确“违法行为属于严重违纪”的条款，并经民主程序公示；
  
• 协商优先：若案件影响较小，可与员工协商解除合同，降低法律风险。
  

如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。