在股东出资纠纷中，原告起诉两股东出资不实，一般可以作为一个案件进行审理，但具体是否合并审理还需根据案件具体情况和法院的判断来决定。以下从不同角度进行分析：
一、合并审理的合理性
诉讼经济原则：从诉讼经济的角度出发，将涉及同一公司、同一事实（即股东出资不实）的多个被告纳入同一案件进行审理，可以节省司法资源，提高审判效率。这有助于减少当事人的诉讼成本，包括时间、金钱和精力等方面的投入。
事实关联性：如果两股东的出资不实行为存在关联性，例如他们共同参与了虚假出资、抽逃出资等行为，或者他们的行为相互影响、相互依赖，那么将这些行为作为一个整体进行审理，有助于法院更全面地了解案件事实，作出更公正的判决。
法律适用一致性：在同一案件中审理涉及同一法律问题的多个被告，可以确保法律适用的一致性。这有助于维护法律的权威性和公正性，避免因不同案件中法律适用不一致而导致的司法不公现象。
二、分别审理的可能性
被告独立性：如果两股东的出资不实行为相对独立，没有直接的关联性，且各自的行为对公司的损害程度和性质有所不同，那么法院可能会考虑将案件分别审理。这有助于更准确地评估每个被告的责任和赔偿范围。
案件复杂性：如果案件涉及的事实复杂、证据繁多，或者涉及多个法律关系和法律问题，那么法院可能会认为分别审理更有利于查清事实、分清责任。在这种情况下，分别审理可以确保每个案件都能得到充分的审理和公正的判决。
当事人意愿：虽然当事人的意愿不是决定案件是否合并审理的唯一因素，但在某些情况下，法院可能会考虑当事人的意愿。如果原告或被告明确表示希望分别审理，且法院认为分别审理不会损害司法公正和效率，那么法院可能会尊重当事人的意愿。
三、实际操作中的建议
充分准备证据：无论案件是合并审理还是分别审理，原告都需要充分准备证据来证明两股东的出资不实行为。这包括但不限于公司章程、出资协议、银行转账记录、验资报告等证据材料。
明确诉讼请求：原告在起诉时需要明确诉讼请求，包括要求两股东承担何种责任（如补足出资、赔偿损失等）以及赔偿的具体金额等。这有助于法院更清晰地了解原告的诉求，并作出相应的判决。
关注法院通知：原告需要密切关注法院的通知和安排，及时了解案件的审理进度和相关信息。如果法院决定合并审理或分别审理，原告需要按照法院的要求进行相应的准备和应对。
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