股东出资纠纷立案后，若发现被告股东已实缴出资，法院会根据实缴的具体情况作出不同处理，核心结论及分情况说明如下：

1. 若实缴出资符合法定程序且证据充分
   若被告股东能提供完整的出资证明文件（如银行转账记录、验资报告、公司章程修正案、股东名册变更记录等），证明其已按约定时间、方式完成实缴义务，且出资程序合法（如货币出资需存入公司账户，非货币出资需评估作价并办理财产权转移手续），法院通常会认定该股东已完成出资义务，驳回原告关于要求其补缴出资、承担违约责任或对公司债务承担连带责任的诉讼请求。
   法律依据：根据《公司法》第28条，股东以货币出资的，应将货币足额存入公司在银行开设的账户；以非货币财产出资的，应依法办理财产权转移手续。若股东能证明已履行上述义务，即视为完成出资。

2. 若实缴出资存在程序瑕疵但已实际履行
   若被告股东虽已实际出资（如资金已进入公司账户），但存在程序瑕疵（如未及时办理验资、未更新股东名册或公司章程未备案等），法院可能根据“实质重于形式”原则，认定出资效力，但会责令股东限期补正程序瑕疵（如办理工商变更登记）。若瑕疵导致原告损失（如因未及时变更登记影响交易信用），股东可能需承担部分赔偿责任。
   典型案例：若股东已转账但未签署出资确认书，法院可能要求股东补充签署文件，但不会因此否定出资事实。

3. 若实缴出资被认定为“虚假出资”或“抽逃出资”
   若被告股东虽提供出资证明，但经查实存在以下情形：

   • 虚假出资：如伪造银行流水、虚构非货币财产评估报告；
     
   • 抽逃出资：如出资后立即通过关联交易将资金转出、虚构债务将出资抽回。
     法院将认定其未履行出资义务，支持原告要求其补缴出资、支付违约金，甚至在公司不能清偿债务时，在未出资范围内承担连带赔偿责任。
     法律依据：根据《公司法司法解释三》第12条，上述行为构成抽逃出资；第13条明确，股东未履行出资义务的，需对公司债务承担补充赔偿责任。

4. 若实缴出资涉及“加速到期”情形
   在特定情况下（如公司破产、执行阶段被认定为“不能清偿到期债务”），即使股东已实缴部分出资，法院可能根据《九民纪要》第6条，支持原告要求股东在未出资范围内提前履行出资义务，用于清偿公司债务。此时，即使被告股东主张“已实缴”，若剩余出资期限未届满，也可能被要求加速到期。

实务建议：

• 对原告而言，需重点核查被告股东的出资证据链（如银行流水、验资报告、财产权转移证明），若发现瑕疵或虚假出资线索，可申请法院调取公司账户流水、委托审计等；
  
• 对被告股东而言，若已实缴，应立即整理完整出资证据，并检查是否存在程序瑕疵（如未变更登记），及时补正以避免败诉风险。
  

如有具体证据或案件细节需分析，可直接向我提供材料，我会进一步结合案情给出针对性建议。