结论：上班途中因车祸受伤，保险公司赔了误工费后，用人单位是否扣工资需分情况讨论，具体如下：
若被认定为工伤：
- 根据《工伤保险条例》的规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这意味着，即使保险公司已经赔付了误工费，用人单位在停工留薪期内也不应扣除员工的工资。
- 停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。在停工留薪期满后仍需治疗的，继续享受工伤医疗待遇，但此时可能不再享受原工资福利待遇不变的规定，具体需根据实际情况和当地规定来判断。
若未被认定为工伤：
- 如果车祸并未被认定为工伤，那么员工与用人单位之间的劳动关系就按照一般的民事法律关系来处理。此时，如果保险公司已经赔付了误工费，这笔费用通常是为了补偿员工因受伤而无法工作所造成的收入损失。
- 在这种情况下，用人单位是否扣除工资就取决于双方之间的劳动合同约定以及用人单位的规章制度。如果劳动合同或规章制度中明确规定了因员工个人原因（如非工伤的交通事故）导致无法工作时，用人单位可以扣除相应工资，那么用人单位就有权按照约定或规定执行。但如果劳动合同或规章制度中没有相关规定，或者规定不明确，那么用人单位通常不应随意扣除员工的工资。
额外提醒：
- 无论是否被认定为工伤，员工都有权要求保险公司按照保险合同的约定赔付误工费。如果保险公司拒绝赔付或赔付金额不合理，员工可以通过法律途径来维护自己的权益。
- 如果员工对用人单位的处理方式有异议，比如认为用人单位不应扣除工资但用人单位却扣除了，员工可以先与用人单位进行协商沟通，如果协商无果，可以向当地的劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的还可以向人民法院提起诉讼。
建议：在处理此类问题时，员工应首先了解自己的权益和用人单位的相关规定，必要时可以寻求法律帮助来维护自己的合法权益。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的解答，请随时向我咨询。