结论：工作证明中是否可以只写一个部门，需根据实际情况和证明目的来判断，若实际工作涉及多个部门且均承担相同工作内容，从真实性和完整性角度不建议仅写一个部门；若公司有特殊规定或出于特定目的需简化，可与公司协商后确定，但需确保不违反法律法规和诚信原则。以下从不同角度进行分析：

一、从工作证明的真实性和完整性角度

工作证明是证明员工在公司工作情况的重要文件，其内容应当真实、准确、完整。如果员工在公司不同部门都从事了同样的工作，那么在工作证明中仅写一个部门，可能会忽略员工在其他部门的工作经历和贡献，导致工作证明的内容不完整。这种不完整的工作证明，在员工申请劳动仲裁、社保缴纳、职称评定等场合，可能会因无法全面反映员工的工作情况而受到影响。

建议：为了确保工作证明的真实性和完整性，如果员工确实在公司不同部门从事了同样的工作，最好在工作证明中详细列出所有涉及的工作部门和岗位，以及相应的工作时间和工作内容。

二、从公司规定和实际操作角度

有些公司可能出于管理方便或特定目的，规定工作证明中只需写一个部门。这种情况下，员工需要与公司进行沟通，了解公司的具体规定和意图。如果公司规定确实要求仅写一个部门，且该规定不违反法律法规和诚信原则，员工可以按照公司规定执行。

但需注意：即使公司有这样的规定，员工也有权要求公司在工作证明中注明“该员工在公司期间，曾先后在XX部门、XX部门等从事相同工作”，以确保工作证明的完整性和真实性。同时，员工应保留好相关的工作记录、考勤记录等证据，以备不时之需。

三、从法律后果和风险防范角度

如果员工在工作证明中故意隐瞒或虚假陈述自己在公司不同部门的工作经历，可能会面临一定的法律风险。例如，在劳动仲裁或诉讼中，如果对方提出证据证明员工曾在其他部门工作，而员工的工作证明中却未提及，这可能会影响员工的信誉和仲裁或诉讼结果。

建议：员工应如实填写工作证明中的内容，避免隐瞒或虚假陈述。如果确实存在特殊情况需要简化工作证明内容，应与公司进行充分沟通，并确保简化后的内容不违反法律法规和诚信原则。

四、特殊情况下的处理

如果员工在公司内部调动频繁，且每次调动都涉及相同的工作内容，那么在工作证明中详细列出所有部门可能会显得冗余。在这种情况下，员工可以与公司协商，是否可以在工作证明中概括性地描述员工的工作经历，例如“该员工在公司期间，曾在多个部门从事相同工作，具体部门包括XX、XX等”。

但需强调：即使采用概括性描述，也应确保描述的内容真实、准确，且能够全面反映员工的工作情况。

总结：工作证明中是否可以只写一个部门，需根据实际情况和证明目的来判断。在大多数情况下，为了确保工作证明的真实性和完整性，建议详细列出所有涉及的工作部门和岗位。如有特殊情况或公司规定，应与公司进行充分沟通，并确保不违反法律法规和诚信原则。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。